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[交流] 知道基因序列，怎样查功能域＼内含子＼蛋白？已有1人参与

我有目的基因的基因组中序列，就是从ATG到ＴＡＡ部分。如何知道它是不是有内含子？也就是说如何知道它的功能域？如何知道它翻译成的蛋白序列及结构演绎呢？

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1楼 2012-02-23 13:13:31

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tuobaohua

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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
wenjing120(金币+1): 积极应助！ 2012-02-28 11:12:37

使用blastn里面的 “Align two or more sequences”，出现两个输入序列的窗口，分别输入基因组序列和mRNA序列，mRNA序列最好只选取CDS输入进去。
出现比对结果后，CDS序列会和基因组相应的部分区域完好的匹配，出现几段区域就应该有几个外显子。
但是这样的比对不能很好的区分内含子和外显子的边界，内含子和外显子的边界序列最好根据GT......AG规则去手动分辨，一般内含子的边界序列都有典型的特征：5'GT......AG3'，同时还要兼顾mRNA各外显子的连续性，不要出现重叠区域。
http://zhidao.baidu.com/question/210709763.html

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