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ChemiAndy

木虫 (正式写手)


【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
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zh1987hs(金币+5, 模拟EPI+1): 谢谢 2012-02-08 18:57:59
pinkrose(金币+10): 2012-02-09 09:57:25
pinkrose(金币+5): 2012-02-09 10:01:18
jiaoyixiong(金币+5): 鼓励交流 2012-02-09 14:00:45
好像Amber可以显式处理氢键项。

但是模拟乙二醇水溶液相变,关键点并不在于氢键,而在于极化。

为什么不在于氢键,我在力场帖子中已经说了,这就是个强静电作用。越强的作用,其实越容易使用力场来描述,误差越不太明显;反而伴随强静电作用的极化——可以看作静电分布对外部电场作用的响应,或一阶导——不容易处理。AMBER的氢键项并非处理极化,它还是一种0级作用能,只不过加了方向性。对于能量模拟,除了能把氢键从静电作用能中分解出来,没有太大的意义。想考虑方向性,那还不如用TIP5P的水模型呢,那里的孤对电子作用位点,更适合处理氢键的方向性。

因此,要玩乙醇和水的作用,建议要么上TIP5P水模型,或者使用可极化力场,比如TINKER里的AMOEBA或者polarized CHARMM。不过,MaterialsStudio好像不支持可极化力场。
2楼2012-02-08 18:37:53
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