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[求助]
请大家帮我看看，为什么不能增加原子
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# 3d EAM V surface diffusion units metal boundary p p s atom_style atomic #-------------------create simulation lattice-------------------# lattice bcc 3.04139 orient x 1 0 0 orient y 0 1 -1 orient z 0 1 1 region box block 0 8 0 8 0 16 #To define 5 lattice create_box 2 box create_atoms 1 box #----------------to define the potential--------------# pair_style meam pair_coeff * * library.meam V V.meam V V #---------------define the top layers and construct the vacuum-----------# region TopAtom block INF INF INF INF 16 INF #To define a delete region group Top region TopAtom delete_atoms group Top region BotAtom block INF INF INF INF INF 0 #To define a delete region group Bot region BotAtom delete_atoms group Bot #--------------constraint the adatom diffuse in the surface-------------# #fix constraint1 adAtom1 setforce NULL NULL 0.0 #velocity adAtom1 set NULL NULL 0.0 #fix constraint2 adAtom2 setforce NULL NULL 0.0 #velocity adAtom2 set NULL NULL 0.0 #group surf subtract all Bottom timestep 0.001 #dump id1 all xyz 1 initial_coor.xyz run 0 variable E equal pe variable N equal atoms print "the number of atoms & system energy now are $N $E" neighbor 2 bin neigh_modify every 20 delay 0 check yes #velocity surf create 300.0 4928459 rot yes dist gaussian print "nvt performed, temperature up:$N atoms,total energy is $E" compute 4 all temp thermo_style custom step temp etotal press thermo_modify temp 4 thermo 100 dump id3 all xyz 1000 snap_all300k.xyz #---------------set the NVT resemble and relax ---------------# min_style sd minimize 1.0e-15 1.0e-10 1000 10000 fix myRelax all nvt temp 10 100.0 0.1 run 10000 minimize 1.0e-20 1.0e-15 1000 10000 unfix myRelax fix myRelax1 all nvt temp 100 100 0.1 run 5000 unfix myRelax1 fix nextRelax all nvt temp 100.0 300.0 0.1 run 10000 minimize 1.0e-30 1.0e-20 1000 10000 unfix nextRelax fix nextRelax1 all nvt temp 300 300 0.1 run 20000 unfix nextRelax1 fix relax all nve run 10000 unfix relax #----------------add adatom----------------# create_atoms 2 single 4 4 16 units lattice region adAtom1 block 4 4 4 4 16 16 units lattice group adAtom1 region adAtom1 create_atoms 2 single 4 4 0 units lattice region adAtom2 block 4 4 4 4 0 0 units lattice group adAtom2 region adAtom2 .... log文件中提示增加0个原子, ??????? |
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2楼2012-01-30 20:13:47
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