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faile18

金虫 (小有名气)

[求助] 环形质粒酶切电泳图分析求解

图注:上一排左起分别为maker,对照原始质粒,所有酶均购自Fermentas公司,E1.1,E1.2,E1.3分别为同一个酶(BamHI)不同购买时间的样品;E2为AvrII;E3为Bst119I;E4.2为酶SpeI。
下排左起分别为maker;对照原始质粒;1.1,1.2,1.3为E1.1,E1.2,E1.3分别与E2双酶切(目的条带大小应为1500bp与5800bp);2.1,2.2为E4.1,E4.2分别与E3双酶切(两个酶切位点间隔94bp),E4.1为酶SpeI。
其他:maker为1Kb ladder,质粒大小约7300bp,最大条带为10000,最小片段为250bp。BamHI有星号活性,其余酶均可使用同一种buffer。由于电泳时间较长(90V,50min),下排双酶切小片段(94bp)可能已经跑过,大片段(约7200bp)稍快于未经酶切片段。
问题如下:1、为何BamHI单酶切会出现如此多的条带,为了双酶切我采用的Tango Buffer,可能会导致非特异性增多?预实验时做的与E2的双酶切没有出现如此多的杂带。
2、E2,E3的单酶切是否算成功?跑的要比对照慢,看了几个帖子,有的说线性的要比环形的慢,有的说要快,我有些迷糊。
3、E4.1,E4.2的单酶切是否成功?貌似跑的也比对照要慢一些。
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zehego

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
wanhscn(金币+3): 鼓励应助! 2011-12-31 14:30:19
BamHI有星活性,酶切时间长很容易产生非特异位点的酶切,如果你怕切不开,可以加大酶的用量,但是酶切时间一点要短,你可以做一个时间梯度看看。个人觉得先切3h试试,不行就缩短至30min。只去掉94bp的酶切比较难看得出来;你最大的Marker是不是10Kb的?你最大的Marker都在你酶切条带以下,感觉没有切开。你可以做长一点的胶,浓度做大一点,可以把Marker跑开,同时跑胶时间长可以把酶切前后的条带还是能分开。
3楼2011-12-31 09:48:58
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西瓜

荣誉版主 (知名作家)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
amisking(金币+1): 鼓励发帖交流! 2011-12-31 22:16:58
检查下你的酶的过期时间,看看管子上标的expire后面的日期到了没。过期很久的酶会切出乱七八糟的条带的。
2楼2011-12-31 00:46:07
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faile18

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 西瓜 at 2011-12-31 00:46:07:
检查下你的酶的过期时间,看看管子上标的expire后面的日期到了没。过期很久的酶会切出乱七八糟的条带的。

BamHI是用的以前剩下的,应该还没有过期,假期之后我再核对一下,其他的酶都是圣诞之前刚刚订购的
4楼2012-01-01 06:01:27
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faile18

金虫 (小有名气)

引用回帖:
: Originally posted by zehego at 2011-12-31 09:48:58:
BamHI有星活性,酶切时间长很容易产生非特异位点的酶切,如果你怕切不开,可以加大酶的用量,但是酶切时间一点要短,你可以做一个时间梯度看看。个人觉得先切3h试试,不行就缩短至30min。只去掉94bp的酶切比较难看 ...

酶切时间大概是6.5h,主要是我要采用双酶切,30min估计切不开吧?酶量较之前已经提高了,15微升体系,酶1微升,质粒0,5微升。最大的marker是10Kb的,这也是我一直纠结的事情,载体不是我构建的,我是从质粒提取开始做的,提出来的质粒,检测确实比10Kb大
5楼2012-01-01 06:31:23
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