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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » NanoDrop和Agilent 2100 bioanalyzer检测RNA浓度有多大差异
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foreverjohn

金虫 (小有名气)

[交流] NanoDrop和Agilent 2100 bioanalyzer检测RNA浓度有多大差异

我最经用NanoDrop测量的RNA浓度比之前在Agilent 2100 bioanalyzer测量的浓度低接近一半，请问这正常吗？如果RNA降解，对浓度测量有很大影响吗？据我所知，即使变成单核苷酸，也是相似的紫外吸收谱，对浓度的测量是没有影响的。有经验的虫子解释下
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1楼 2011-12-29 14:19:52
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foreverjohn

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by longrna at 2011-12-30 09:28:33:
两种不同的检测方法（NanoDrop\aglient 2100）的确得出的结果不一样。
我也试过出来楼主这种情况。一般来说2100比nanodrop高一些，某次高一半，有时高10-30%
另外，aglient RNA 6000 nano kit不是检测25-500ng/ ...

aglient 2100检测时稀释到300ng左右，然后根据稀释倍数换算成浓度。按照您的经验，我的这个结果是正常现象。我要做反转录和Real-time PCR，要对样品进行定量，那么使用时该用哪个浓度比较合适呢？
NanoDrop确实可以测到200 ng/ul以上，但是由于我们组的仪器使用时间长了，可能有七八年？因此超过100 ng/ul就提示有气泡，可能是表面需要清洗，但是工程师又不给售后，所以我们现在一般都是100 ng/ul一下测量。
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7楼2011-12-31 22:15:39
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gaoyang636

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★
foreverjohn(金币+1):谢谢参与
西瓜(金币+4, MolEPI+1): Good! 2011-12-29 16:51:06
首先得看你的RNA浓度，如果能到几百ng/ul，用nanodrop太足够了；
   但是如果浓度很低，比如：几ng/ul，得用2100,nanodrop此时结果不可信；
   并且RNA降解的话，你从2100的结果上就能够看出来，这个机器可不仅仅是定量用的。但是Nanodrop的确只是定量了……
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3楼2011-12-29 15:46:47
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foreverjohn

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by gaoyang636 at 2011-12-29 15:46:47:
首先得看你的RNA浓度，如果能到几百ng/ul，用nanodrop太足够了；
   但是如果浓度很低，比如：几ng/ul，得用2100,nanodrop此时结果不可信；
   并且RNA降解的话，你从2100的结果上就能够看出来，这个机器可不仅 ...

感谢回复，我的RNA浓度以前用Agilent 2100测量时浓度均大于1 ug/ul（多个样品），最近我使用时，先根据以前得到的浓度稀释至1 ug/ul，此时1 ul电泳检验RNA质量尚可，然后1 ul稀释10倍至10 ul，Nanodrop测量浓度只有50-60 ng/ul（多个样品均在这个值内），也就是说NanoDrop测量值（500-600 ng）只有Agilent 2100测量值得一半左右。不知道你是否遇到过这样的情况。
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4楼2011-12-29 23:18:19
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gaoyang636

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
西瓜(金币+2): 鼓励积极应助！ 2011-12-31 22:16:45
引用回帖:
4楼: Originally posted by foreverjohn at 2011-12-29 23:18:19:
感谢回复，我的RNA浓度以前用Agilent 2100测量时浓度均大于1 ug/ul（多个样品），最近我使用时，先根据以前得到的浓度稀释至1 ug/ul，此时1 ul电泳检验RNA质量尚可，然后1 ul稀释10倍至10 ul，Nanodrop测量浓度只 ...

这时候你应该拿这几个稀释后的样品（即用来测Nanodrop的样品）测一下2100，与其考虑是不是RNA降解，不如考虑是不是稀释的时候出错了（枪不准，计算失误等等）；
  这才是control……
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5楼2011-12-30 08:33:45
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bear201311楼
2015-10-10 22:21   回复  
引用回帖:
6楼: Originally posted by longrna at 2011-12-30 09:28:33 两种不同的检测方法（NanoDrop\aglient 2100）的确得出的结果不一样。 我也试过出来楼主这种情况。一般来说2100比nanodrop高一些，某次高一半，有时高10-30% 另外，aglient RNA 6000 nano kit不是检测25-500ng/ul ...

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