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pyflxxx

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[求助] 求教关于megalign和MEGA5实用细节问题。

最近网上搜了些资料,可是都是笼统的教程。
实际应用过程中遇到些问题,真心求教!
1关于DNASTAR的megalign,想做一个多序列间相似性%的图表,在加入我的样本序列进行align后,发现结果比对并不好,我的样本序列长短不一。本来只有左半边序列的样本,比对后也类似居中对齐了。这个怎么办?不是还要去头去尾吗?megalign里怎么去头去尾?
试着用mega5align后保存的meg格式在dnastar里却打不开。

2关于mega5建树,想得到长短不一的有根树,可是当我cut off 70%以后,所有序列名称都对齐了,这个怎么办呢?

另外我的bootstrap值设为10000,可是树里显示的值是100以内的,我看见有文献里有1000以内的,这是怎么回事呢。

谢谢
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