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smisuccess

金虫 (小有名气)

[求助] 求助如何选择建发育树的菌种

我的菌种测序之后经BLAST比对后有很多相似的我该如何选择，看了一些帖子但还不是很清楚，希望高人给出指点。
我的问题有：1.BLAST比对后有很多相似度高的，如何取舍，数量有要求不
           2.我看有的文献建的树，选择的并不都是比对后那些相似度高的菌株，那是怎么找的呢
          3.怎么找真菌的模式菌株和它的序列
这个问题困惑我很久了，真诚希望得到各位的帮助！！！！

[ Last edited by smisuccess on 2011-12-10 at 17:33 ]
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1楼 2011-12-10 17:26:38
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gjs713

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
西瓜(金币+5, MolEPI+1): Good! 2011-12-24 15:11:48
smisuccess(金币+10): ★★★很有帮助 2011-12-26 09:46:26
你做比对肯定希望确定该菌株的种属对吧。所以在选择序列的时候应该找一些确定了属名和种名的菌株序列，每种找两个就好了。一般以sp.结尾的这种菌株序列不要下载。相似度低的也要选择一些，这样做出来的树会更明了，当然这样也并不会影响到你的最终结果。模式菌株可以到论文里面去查找，然后通过名称或者登录号到Genbank去搜索。
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勤奋、执着、专注，则无坚不破。
2楼2011-12-24 09:20:06
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