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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 新手请教用NEB方法计算energy barrier.
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gaofenglili

银虫 (小有名气)

[求助] 新手请教用NEB方法计算energy barrier.

想用NEB方法算体系的energy barrier, 请教各位大侠：

1. 我用nebmake.pl脚本产生中间状态的Image, 但是结构优化后都变成了几乎同一种最终结构，好像中间插入的各个结构之间没有相互作用和约束一样，得不知道是怎么回事，我的INCAR如下，请不吝指教：

PREC    = Mediate

ENCUT   = 500
EDIFF   = 1E-5
EDIFFG  = -0.05
ISMEAR  = 0
SIGMA   = 0.1
ISPIN   = 2

LPLANE  = .True.
LWAVE   = .False.
LCHARG  = .False.
NPAR    = 4
LSCALU  = .False.

ICHAIN = 0
IMAGES = 6
LCLIMB= .TRUE
SPRING = -5.0

IBRION  = 2
NSW     = 500
POTIM = 0.1

NSIM    = 4
ALGO    = Fast
LREAL   = Auto

另外我的POSCAR1和POSCAR2中都写了selective dynamics, 然后让原子可移动，这样对吗？

2. 对于初始结构应该单独进行计算吗？

3. 我计算的体系是一个H原子从无限远接近吸附在表面的一个O，然后形成OH后又远离表面，这好像是两个过程啊，这种情况直接给出初态和末态位置用NEB方法计算好像不合理啊，是不是应该分两个过程算呢？


谢谢了！
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1楼 2011-12-09 06:30:43
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wyf198166

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
10楼: Originally posted by gaofenglili at 2011-12-14 00:08:14:
初态的H原子是我自己放的，结构优化后H自动把O原子夺过来形成OH远离表面，关键是中间态不知道啊，怎么插值啊？如果把优化前后的态作为初始和末态进行插值的话显然不对啊,因为一个过程是H接近表面的O，另一过程是 ...

我又看了遍你设置的参数 你INCAR里的images参数跑那去了，设置了多少？
中间非稳态结构本来就不一定知道，知道就不用做了，都是自动弛豫的，但你算过OH结合足以是原来的O程健断裂吗？
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vasp第一性原理研究方向
16楼2011-12-15 22:09:40
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likai0106

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
sunyang1988(金币+1): 谢谢交流 2011-12-09 23:08:54
gaofenglili(金币+10): 2011-12-09 23:51:23
引用回帖:
1楼: Originally posted by gaofenglili at 2011-12-09 06:30:43:
想用NEB方法算体系的energy barrier, 请教各位大侠：

1. 我用nebmake.pl脚本产生中间状态的Image, 但是结构优化后都变成了几乎同一种最终结构，好像中间插入的各个结构之间没有相互作用和约束一样，得不知道是 ...

对于产生的images不要单独优化，过渡态找的能量极大值点，而不是极小值点，你单独优化出来的是极小值点，要放到整体效果里去算才有意义。
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2楼2011-12-09 08:12:02
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gaofenglili

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by likai0106 at 2011-12-09 08:12:02:
对于产生的images不要单独优化，过渡态找的能量极大值点，而不是极小值点，你单独优化出来的是极小值点，要放到整体效果里去算才有意义。

您好！

我没有单独结构优化啊，就是直接用NEB方法一块算的啊，结果好像所有结构都优化到一块去了。

我只是想用这个方法得到energy barrier, 不知道哪里出了问题，还请指教啊！
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3楼2011-12-10 00:00:31
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likai0106

金虫 (小有名气)
★
贺仪(金币+1): 多谢你的热心帮助 2011-12-14 09:37:08
引用回帖:
3楼: Originally posted by gaofenglili at 2011-12-10 00:00:31:
您好！

我没有单独结构优化啊，就是直接用NEB方法一块算的啊，结果好像所有结构都优化到一块去了。

我只是想用这个方法得到energy barrier, 不知道哪里出了问题，还请指教啊！

不好意思，我可能理解错误了。我认为你的过程应该是两个，H吸附形成OH是一个，OH脱离又是一个，分开做就好了。如果你有催化剂的话必须考虑到H的物理吸附和O成键的过程，所以在催化剂下可能就是三个了，第一个是H吸附，之后H和O成键形成OH。最后OH脱离。
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gaofenglili
5楼2011-12-10 09:16:19
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