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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 有关生物信息学
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chchy2085

木虫 (正式写手)

[求助] 有关生物信息学

大家好，已知一个蛋白的保守序列（当然全序列也知道，只是不同细菌的序列也不同），怎么样才能够在一个新的物种（基因组测序已完成）中查看是不是也有这个蛋白的同源蛋白啊？急，求，谢谢
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1楼 2011-12-06 22:13:30
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doublehelix

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

chchy2085(金币+2): 2011-12-07 09:13:16
先拿已知细菌序列进行相关基因全序列比对，若能与新物种某段序列相似性较高，则可初步判断为同源序列，接下来就需要实验来验证了。若比对不出，则可用保守序列进行比对，同样再经过实验验证即可。
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2楼2011-12-06 23:28:49
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chchy2085

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by doublehelix at 2011-12-06 23:28:49:
先拿已知细菌序列进行相关基因全序列比对，若能与新物种某段序列相似性较高，则可初步判断为同源序列，接下来就需要实验来验证了。若比对不出，则可用保守序列进行比对，同样再经过实验验证即可。

可是物种的基因序列很大，在比对的过程中可能直接死机了，还有其他的方法么？谢谢！
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3楼2011-12-07 09:13:09
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doublehelix

木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by chchy2085 at 2011-12-07 09:13:09:
可是物种的基因序列很大，在比对的过程中可能直接死机了，还有其他的方法么？谢谢！

如果新种的序列已登录到NCBI,那就直接blast分析吧，如果没有登录，可以弄成Fasta格式的txt文件，登录德国的一个服务器进行比较分析，不在本地机分析，不会出现死机现象，德国的那个生物信息学网站一时记不得了，你可以搜搜试试
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4楼2011-12-07 11:52:00
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anquren

金虫 (正式写手)
直接做blast
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5楼2011-12-07 12:22:38
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ILKOBE

铜虫 (小有名气)
blast 是王道
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6楼2011-12-07 12:55:21
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chchy2085

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by doublehelix at 2011-12-07 11:52:00:
如果新种的序列已登录到NCBI,那就直接blast分析吧，如果没有登录，可以弄成Fasta格式的txt文件，登录德国的一个服务器进行比较分析，不在本地机分析，不会出现死机现象，德国的那个生物信息学网站一时记不得了， ...

谢谢！
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7楼2011-12-07 17:13:34
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chchy2085

木虫 (正式写手)
谢谢各位！
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8楼2011-12-07 17:13:46
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wuushu

金虫 (正式写手)
除了BLAST，还真没想到其他的。。
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该把乱七八糟的业余爱好收收了,专注于偶亲爱的生物!PaperandEnglish!
9楼2011-12-08 15:24:16
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woshizhufeng

新虫 (小有名气)
BLAST吧
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10楼2012-08-17 21:59:51
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