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liqianjun

木虫 (小有名气)

[求助] pdb文件，top文件

请问如何将Givew中导处的pdb格式转化为NAMD的pdb格式？或者有没有这样的资料可供参考，看了NAMD的turorial，VMD tutorial，但还是不会弄
还有alpha羟基丙酸的topology file，大家有吗？自己写的话，我弄不懂里面的原子类型、impro如何写。
谢谢，谢谢。
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1楼 2011-12-05 14:49:32
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liqianjun

木虫 (小有名气)
不好意思，是”黄色的一部分“改为“绿色的一部分”
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6楼2011-12-09 12:12:06
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查看全部 7 个回答

chaizhm

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
liqianjun(金币+1): 谢谢，但我不会编程，而且刚开始学习用namd，惭愧啊 2011-12-05 15:45:25
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-12-08 20:25:27
引用回帖:
1楼: Originally posted by liqianjun at 2011-12-05 14:49:32:
请问如何将Givew中导处的pdb格式转化为NAMD的pdb格式？或者有没有这样的资料可供参考，看了NAMD的turorial，VMD tutorial，但还是不会弄
还有alpha羟基丙酸的topology file，大家有吗？自己写的话，我弄不懂里面 ...

了解一下文件的格式，写个程序转换一下就行了
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壁立万仞，无欲则刚
2楼2011-12-05 15:43:18
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liqianjun

木虫 (小有名气)
liqianjun: 回帖置顶 2011-12-07 16:20:50
好冷清啊，大家帮帮忙，top文件我不会写，如何将L-丙氨酸改写成L-型的alpha羟基丙酸的top啊？
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3楼2011-12-07 16:20:38
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-12-08 20:25:35
liqianjun(金币+2): 谢谢，原来看了点topology tutorial,不过没有会融会贯通灵活运用，你介绍的这个网页感觉很有用，但还未理解消化，稍后再向你请教 2011-12-08 22:22:03
http://www.ks.uiuc.edu/Training/ ... ix-html/node22.html

仔细看看这个，看完之后你也许就能所有发现。
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4楼2011-12-08 19:40:09
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