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freewayne

铁杆木虫 (初入文坛)

[交流] 请教5.8s 16s 18s 26s 28s分别指什么? 已有5人参与

我想做一株类似酵母的菌种鉴定,不知道5.8s 16s 18s 26s 28s 分别指什么,应该做哪个 ?哪个高人能分别说明这些5.8s 16s 18s 26s 28s 具体是做什么鉴定的?
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asznpb

木虫 (正式写手)

★ ★ ★
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zhang8826857(金币+2): good 2011-12-06 11:01:19
核糖体RNA的沉降系数:“S”(沉降速度)这个单位是不能直接简单相加的,因为它代表沉降速度的度量而不是质量。每个亚基的沉降速度既受到其形状的影响,又受到其质量的影响。
原核细胞及真核细胞内共生体的70S核糖体中包含3种沉降系数不同的rRNA,其中30S核糖体亚基中包含16S rRNA,50S核糖体亚基中包含5S rRNA和23S rRNA。这3种rRNA在结构上有明显的不同。即原核生物中则含23S、16S和5S 三种rRNA。
  由于不同种的真细菌与古细菌间的16S rRNA基因(16S rDNA)是高度保守的,16S rRNA作为研究分类学和系统进化的分子受到很大重视,16S rRNA序列分析是当前对细菌进行分类学研究中较精确的一种技术。随着分子生物学的快速发展以及该技术在医学微生物研究中的应用,对16S rRNA作为微生物分类依据的研究也逐渐发展起来并已得到广泛认同。

真核生物80S核糖体中包含4种沉降系数不同的rRNA,其中,40S核糖体亚基(小亚基)中包含18S rRNA,而60S核糖体亚基(大亚基)中包含5S rRNA、5.8S rRNA和28S rRNA。即真核细胞核糖体中通常含28S、18S、5.8S和5S 四种rRNA;真核细胞中的18S rRNA是16S rRNA的同源RNA,其相对分子质量约为0.7 MDa,长度约为1900 nt。18S rRNA除了比16S rRNA稍长且多一些臂和环结构外,两者空间结构十分相似,在核糖体中起到的作用也基本相同。
所以就酵母而言,鉴定酵母菌株本身是需要进行18s鉴定,之所以酵母中同时出现了真核和原核的rRNA沉降系数,可能是因为该株酵母中含有共生体(线粒体,质体)
显微镜下的世界很精彩!
2楼2011-12-05 10:52:29
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gengyuehua

木虫 (正式写手)


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上面的同志已经结束很完整了,我就说怎么做吧。你要坐酵母就选择its,18s,28s去尝试一下,查阅一下文献找到通用引物(据我所知一般真菌的引物都可以用,这几段基因的保守型好,并且在体内是多拷贝的),然后合成引物,回来后坐PCR,测序,然后NCBI比对,鉴定。
3楼2011-12-05 11:25:49
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freewayne

铁杆木虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by gengyuehua at 2011-12-05 11:25:49:
上面的同志已经结束很完整了,我就说怎么做吧。你要坐酵母就选择its,18s,28s去尝试一下,查阅一下文献找到通用引物(据我所知一般真菌的引物都可以用,这几段基因的保守型好,并且在体内是多拷贝的),然后合成引 ...

its 18s 28s 都要做吗 ?
4楼2011-12-06 08:48:26
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gjs713

至尊木虫 (职业作家)


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因为真菌的同源性较高,稍微麻烦一点:18s 28s 可以鉴定到属,确定属以后,再做ITS可以到种。。
勤奋、执着、专注,则无坚不破。
5楼2011-12-06 10:34:05
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阳光香味

银虫 (小有名气)


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s应该是沉降系数,16s rRNA是原核生物的
18S rRNA是真核生物的
haveaniceday
6楼2011-12-06 14:54:46
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freewayne

铁杆木虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by gjs713 at 2011-12-06 10:34:05:
因为真菌的同源性较高,稍微麻烦一点:18s 28s 可以鉴定到属,确定属以后,再做ITS可以到种。。

是这样的,我做了18s和its,ncbi比对后这两个结果相差很大,18s同源性最高在在96%,覆盖率在65%,而its出来4个同源性100%的菌株,但这四个都不是我的菌株。我还要做28s?我看有的人做酵母用的26s和its,我也不太懂这个。
7楼2011-12-06 16:35:52
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freewayne

铁杆木虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by gjs713 at 2011-12-06 10:34:05:
因为真菌的同源性较高,稍微麻烦一点:18s 28s 可以鉴定到属,确定属以后,再做ITS可以到种。。

而且在18s里同源性较高的里面找不到its里那四个100%的菌株。
8楼2011-12-06 16:36:48
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gjs713

至尊木虫 (职业作家)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
那就再做个28S吧, 还有 就是 你可以往18S里面同源性比较低一些的序列看看有没有ITS中的某一个。。同源性低于98%基本上就不能确认了。
勤奋、执着、专注,则无坚不破。
9楼2011-12-06 18:18:18
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tuoxin232

新虫 (初入文坛)


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S是沉降系数,酵母属于真菌,应该做18SrRna吧
10楼2015-07-02 16:59:56
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