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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » autogrid出错，没能完成
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laolu86

禁虫 (初入文坛)
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1楼 2011-12-03 10:30:11
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bio830805

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
chaizhm(金币+2): 谢谢 2011-12-05 09:48:09
laolu86(金币+2): 我还不会在黑背景下输入命令，请问怎么输呢，谢谢！ 2011-12-05 10:52:23
你是用Autodock的应用程序（对话框界面)运行Autogrid的吧，试试黑色背景的命令符界面下运行，就不会出错了。
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不会跳舞的外语达人不是好生物学家
2楼2011-12-05 06:10:03
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★
chaizhm(金币+2): 谢谢 2011-12-05 09:48:25
引用回帖:
1楼: Originally posted by laolu86 at 2011-12-03 10:30:11:
运行autogrid时候，最后没能完成，提示受体文件中含有未知类型的“Hg”，要先设置参数，请问高手们，怎么设置？

你的受体里含有Hg吗？这个有点夸张~哈哈~你可以用记事本打开你的受体文件，搜索一下Hg,看看他是什么原子
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3楼2011-12-05 08:00:37
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laolu86

禁虫 (初入文坛)
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4楼2011-12-05 10:50:28
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laolu86

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5楼2011-12-05 10:54:20
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): xiexie 2011-12-21 18:54:01
引用回帖:
4楼: Originally posted by laolu86 at 2011-12-05 10:50:28:
HETATM 6789 HG    HG B 902      59.441   8.881  -5.577  0.83 79.32     0.102 Hg
HETATM 6790 HG    HG B 904      79.002  11.326  -5.792  0.66 96.23     0.102 Hg
HETATM 6791 HG    HG B 906      68 ...

第一个，看来这个原子确实是杂原子~而且他是出现在受体上？不知道是不是这个蛋白本身就是金属酶？如果不是的话，涉不涉及离子转运？如果都不是，你要思考一下这个原子的来源究竟是什么？是从PDB数据库下载下来的吗？
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6楼2011-12-05 13:59:10
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laolu86

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7楼2011-12-05 20:51:38
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bio830805

银虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+5): 谢谢 2011-12-21 18:54:21
引用回帖:
5楼: Originally posted by laolu86 at 2011-12-05 03:54:20:
不好意思，我是初学菜鸟，我试着在黑色背景下输入命令，输不上去是怎么回事，望解答，谢谢！

你从“开始”菜单进入“附件”，然后找到"Command Prompt"（就是黑色框的那个图标），进入命令符输入窗口，如果你装了Autodock4的话，最好把Docking的文件都copy到安装Autodock4的主程序的目录里，然后键入“autogrid4 -p my_receptor.gpf -l my_receptor.glg" ，我原来做autogrid或者autodock经常出现字符乱码的错误，这样试了以后就没问题了，希望对你有用。貌似用autogrid -h可以查看各种option的意思
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不会跳舞的外语达人不是好生物学家
8楼2011-12-05 23:30:06
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arthurii

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-12-21 18:54:29
默认的参数里面没有Hg，自然就不能Grid了，要在parameter_file里面加Hg的参数，然后在准备grid的时候要先导入参数文件。
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9楼2011-12-21 08:00:03
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