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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 分子标记，有没有抗感亲本没有差异，F2群体却发生分离的情况
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397788318

新虫 (初入文坛)

[求助] 分子标记，有没有抗感亲本没有差异，F2群体却发生分离的情况

前些日子跑一对引物，在抗感亲本中找到了一条175bp左右的差异，上群体之后偶然发现在220bp却出现了很好的分离，感病的没有220的条带，抗病的都有，但是抗感亲本却没有。为什么啊？  1-5,11-15为感病泳道，6-10,16-20泳道为抗病泳道。第二张图的2泳道为抗病亲本，3-5泳道为感病泳道。求大侠帮助。

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1楼 2011-11-28 19:05:45
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wanhscn

木虫 (职业作家)

哲学@草根

【答案】应助回帖

397788318(金币+1): 其实我用这对引物上了F2群体共147株，只出现了16个单株的交换，我感觉连锁挺紧密。请帮我分析分析测序之后可能出现的情况啊？谢谢 2011-11-29 15:30:35
你用的是srap标记？这个PCR的稳定性不如SSR，是RAPD的变种，出现这种情况也不是没有可能，建议将差异条带挖出来测序，重新设计引物将srap转化为稳定的标记！但是不能保证一定100%成功！
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真相是最大的奢侈品
3楼2011-11-29 10:35:23
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wwxsdl

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
wanhscn(金币+5): Good！ 2011-11-29 10:27:10
同学，看了你的电泳图和你的解释，感觉这个标记在亲本间175bp的差异不像是抗病基因的差异，倒像是遗传背景的差异，至于你所提及的220bp的差异如图一，16，18发生了交换，但是这条带在亲本中没有体现，单纯从这个结果不能说明这个基因与抗病基因发生连锁，所以建议你重新再做一下，希望有所收获。
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2楼2011-11-29 00:08:39
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wanhscn

木虫 (职业作家)

哲学@草根
引用回帖:
1楼: Originally posted by 397788318 at 2011-11-28 19:05:45:
前些日子跑一对引物，在抗感亲本中找到了一条175bp左右的差异，上群体之后偶然发现在220bp却出现了很好的分离，感病的没有220的条带，抗病的都有，但是抗感亲本却没有。为什么啊？  1-5,11-15为感病泳道，6-10,16 ...

既然能上群体，那就凑合用，测序以及用SNP是万不得已的情况！
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真相是最大的奢侈品
4楼2011-11-29 15:38:33
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397788318

新虫 (初入文坛)
★
wanhscn(金币+1): 有道理！亲本没有差异，确实没有太大的说服力！亲本没有弄混？ 2011-11-30 12:49:42
引用回帖:
3楼: Originally posted by wanhscn at 2011-11-29 10:35:23:
你用的是srap标记？这个PCR的稳定性不如SSR，是RAPD的变种，出现这种情况也不是没有可能，建议将差异条带挖出来测序，重新设计引物将srap转化为稳定的标记！但是不能保证一定100%成功！

但是老板要求将SRAP转为SCAR~~  而且是毕业论文的内容，由于亲本没有差异，这会造成没有说服力吧？
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5楼2011-11-29 15:50:06
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