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wanglili8689

木虫 (小有名气)

[求助] xp加游离水中的H

请教大家一个问题：万分感谢
用shelxl中的Xp加氢具体步骤是什么样子的？
命令hadd？
记得以前有人用过hadd 908 这是什么意思啊？
请教！！！！！！！！！！！！！
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1楼 2011-11-22 17:37:19
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897614771

木虫 (正式写手)
★ ★
木瓜少爷(金币+1): 鼓励回帖交流～ 2011-11-22 17:55:17
lijunjie84(金币+1): 谢谢回帖交流！ 2011-11-22 20:24:32
一般通过找Q值法
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2楼2011-11-22 17:54:54
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461846832

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
wanglili8689(金币+5): 很感激 2011-11-22 19:25:41
lijunjie84(金币+1): 谢谢回帖交流！ 2011-11-22 20:24:20
如Ox原子加氢
指令：hadd Ox 9
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3楼2011-11-22 18:06:06
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wanglili8689

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 461846832 at 2011-11-22 18:06:06:
如Ox原子加氢
指令：hadd Ox 9

你好，这个后面的9什么意思啊？假如我氧原子11上要加入两个H，这个指令要这样写入吗？
hadd O11 9              我试了，这样不给加呀。麻烦您再给我说说吧，谢谢了
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4楼2011-11-22 19:06:03
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wanglili8689

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 897614771 at 2011-11-22 17:54:54:
一般通过找Q值法

恩，一般都是Q峰加氢的，但是我发现Q峰加氢后，做的tex文件中没有氢键表。。。
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5楼2011-11-22 19:07:26
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smallake

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
wanglili8689(金币+5): 非常详细啊，我试一下啊，谢谢 2011-11-22 21:36:13
drg1984(金币+1): 感谢您的建议和帮助！ 2011-11-23 00:34:16
先确定有原子提供氢键给这个氧原子，然后认为其他方向就是水分子中氢的位置。
例如，要给游离水o1上加两个氢，先确定有c1,c2上的氢原子为O1提供氢键。于是可以这样：
join o1 c1
join o1 c2
hadd 2 o1
这样o1上就有两个氢了。
存盘后在ins文件中o1下面的afix 23改成afix 3就可以了。
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6楼2011-11-22 20:50:39
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wanglili8689

木虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by smallake at 2011-11-22 20:50:39:
先确定有原子提供氢键给这个氧原子，然后认为其他方向就是水分子中氢的位置。
例如，要给游离水o1上加两个氢，先确定有c1,c2上的氢原子为O1提供氢键。于是可以这样：
join o1 c1
join o1 c2
hadd 2 o1
这样o ...

提供给O原子的氢键的H原子不是必须要在N、F、O上的吗？


我还是没有弄明白，试了后还是不可以，
hadd后的2或者9是什么意思啊？
怎么确定哪个原子给这个氧原子提供氢键呢？？？？？？？
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7楼2011-11-22 22:27:06
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lindaxcy

金虫 (正式写手)
★ ★
lichun1210(金币+2): 感谢回帖交流~ 2011-11-23 10:38:30
引用回帖:
2楼: Originally posted by 897614771 at 2011-11-22 17:54:54:
一般通过找Q值法

应该是hadd 9 Ow  
9代表的是加H的种类，9代表的是加2个H 比如 CH2
如果你不明白，可以在xp下面输入命令 help hadd ，这样就能明白数字的意义了
还有一种方法是傅里叶图加H，你可以把q峰的个数增加，然后在要加H的原子周围找出键长键角大概合适的Q值命名，通常这样找出来的，还需要进一步限定键长键角
希望能帮到你
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8楼2011-11-23 08:13:14
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smallake

新虫 (初入文坛)
★ ★
lichun1210(金币+2): 感谢回帖交流~ 2011-11-23 10:38:41
引用回帖:
7楼: Originally posted by wanglili8689 at 2011-11-22 22:27:06:
提供给O原子的氢键的H原子不是必须要在N、F、O上的吗？


我还是没有弄明白，试了后还是不可以，
hadd后的2或者9是什么意思啊？
怎么确定哪个原子给这个氧原子提供氢键呢？？？？？？？

确定那个原子提供氢来形成氢键，比较复杂，需要把所有可能形成氢键的原子列出来。用指令envi 2 o1, 可以找到o1周围2埃范围内的所有原子。依次找已经确定有氢的氢键加氢。少的话，也可以把离得近的碳原子的氢当氢键
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9楼2011-11-23 08:35:55
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wanglili8689

木虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by lindaxcy at 2011-11-23 08:13:14:
应该是hadd 9 Ow  
9代表的是加H的种类，9代表的是加2个H 比如 CH2
如果你不明白，可以在xp下面输入命令 help hadd ，这样就能明白数字的意义了
还有一种方法是傅里叶图加H，你可以把q峰的个数增加，然后在要 ...

您好，谢谢，你说的这些很好，只有一点help hadd，我也知道这个命令，只是命令中有点看不懂啊，可能是我水平有限呢~~~~嘿嘿
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10楼2011-11-23 09:09:48
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