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ludeng8710

新虫 (小有名气)

[求助] 请问 能否在溶剂中只算过渡态单点能的情况下 把虚频消掉?

在气相中求得了过渡态
在溶剂中只想算下单点能,但会有一两个小虚频 查看结构 对应着苯环之类的转动
请问 可不可以
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ludeng8710

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by zhangmt at 2011-11-13 22:29:19:
一般情况下没必要在溶剂中寻找过渡态——虽然严格来说应该如此,但你也知道,溶剂化模型很粗糙。重新找的过渡态也未必就正确。
你做溶剂化计算时,结果自然会给出△Gsol,用气相的那个△G直接加上它就可以了啊。 ...

请问:我用scfvac关键词以后,在计算结果中会找到:
DeltaG (solv)    (kcal/mol) =   ***     (溶剂化能)


溶剂中的自由能:自由能=单点能+自由能校正(来自于频率分析)+溶剂化能


这个“单点能”指的是算出来的SCF能量加上零点能校正么?
需要加零点能校正么?
【因为气相中过渡态的能量是直接提取的SCF(E)和Sum of electronic and thermal Free Energies(G)后面的数值】

这个“自由能校正(来自于频率分析)”指的什么呀?
谢谢~
6楼2011-11-14 17:11:02
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT

【答案】应助回帖

★ ★ ★
小红豆(金币+3): 谢谢 2011-11-14 21:04:52
莫名其妙的问题
既然是在气相中得到的过渡态,那么也就是说你已经确认了,有且仅有一个虚频,而且振动模式正确。
然后在溶剂中只做单点算,既然只做单点算,那哪来的频率呢?你到底是在溶剂中重新优化了?重新找过渡态了?还是只做了单点算?还是算的同时做了频率分析?看样子是后者吧。。为什么呢?为什么单点算还要再做频率分析呢?有何意义呢?那个结构明明是气相过渡态,在溶液中未必如此,做单点算的前提就是假定结构变化不大而做的一个近似。你重做频率分析,除了证明这是近似而不是真实溶液中的过渡态,还能说明什么?还是你在溶液中重新找了过渡态?
一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭,其实这是修养不足学识浅薄的一种体现,也是可恶的偏执和愚蠢的自以
2楼2011-11-13 17:59:50
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ludeng8710

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zhangmt at 2011-11-13 17:59:50:
莫名其妙的问题
既然是在气相中得到的过渡态,那么也就是说你已经确认了,有且仅有一个虚频,而且振动模式正确。
然后在溶剂中只做单点算,既然只做单点算,那哪来的频率呢?你到底是在溶剂中重新优化了?重新找 ...

的确是单点算的同时做了频率分析,因为需要吉布斯自由能
现在是一方面需要溶液中过渡态的吉布斯自由能,一方面又没有时间在溶液中优化过渡态。。。
3楼2011-11-13 18:06:23
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
ludeng8710(金币+100): 很感谢 有些问题有些傻 但会认真学习的 请不吝赐教 谢谢~ 2011-11-14 10:23:46
小红豆(金币+10): 谢谢 2011-11-14 21:05:22
一般情况下没必要在溶剂中寻找过渡态——虽然严格来说应该如此,但你也知道,溶剂化模型很粗糙。重新找的过渡态也未必就正确。
你做溶剂化计算时,结果自然会给出△Gsol,用气相的那个△G直接加上它就可以了啊。没必要做频率分析,何况这个时候做频率分析不仅是无意义的,而且是错误的。
一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭,其实这是修养不足学识浅薄的一种体现,也是可恶的偏执和愚蠢的自以
4楼2011-11-13 22:29:19
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