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小橘子~

新虫 (初入文坛)

[求助] 求高手解救荧光定量的问题

最近最荧光定量试验,一直很不顺,用的是bioer的试剂,IQ5的机器。做的是miRNA的相对定量表达,用的是∆∆CT法,所扩增的片段有点大,但在200bp之内,出现很奇怪的现象,附上图:
扩增曲线:



溶解曲线:





很是疑惑为什么前面的曲线不平,应该不是机器的问题,因为其他人做没有出现这样的现象,我把浓度给变大10倍也没有很好的改观,求高手指教,非常感谢!

扩增曲线



溶解曲线



溶解曲线的倒数图
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西瓜

荣誉版主 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★
wanhscn(金币+2): 鼓励应助! 2011-11-06 08:16:04
小橘子~(金币+1): 非常感谢你认真的分析和建议 2011-11-06 10:04:03
你说的“前面的曲线不平”是什么意思?

从你的扩增曲线来看,是模板浓度太低了。按照2的N次方扩增,模板浓度大10被,Ct值只变小3,10倍还是不够的。一般情况下,15~20个循环左右扩增曲线起来比较合适。
你的部分样品35个循环后才有扩增,有点夸张……因为一般认为,阴性对照35个循环之前没有扩增是正常的……
虽然这样子也能定量,但是这么多循环才有扩增,有可能是非特异的扩增了,还是想办法加大模板浓度吧。反转录的时候多加些RNA,可以取试剂盒推荐的RNA用量的上限。
从融解曲线来看,扩增还是比较特异的。你的特异的峰有高有低,是因为PCR产物还没达到饱和(从扩展曲线看,离平台期还远呢)。

综上,主要的问题,还是模板浓度过低。好在,扩增的特异性不错。
2楼2011-11-06 00:02:40
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纳兰欣光

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
1楼: Originally posted by 小橘子~ at 2011-11-05 17:49:59:
最近最荧光定量试验,一直很不顺,用的是bioer的试剂,IQ5的机器。做的是miRNA的相对定量表达,用的是∆∆CT法,所扩增的片段有点大,但在200bp之内,出现很奇怪的现象,附上图:
扩增曲线:



...

我也要用这个机器,做相对定量,想问一下你的内参跟特异性引物都跑标曲了吗?想设两排,一排是内参的,一排是特异性引物的,设置的时候选孔,把他们作为S还是X啊?
3楼2011-11-23 10:40:04
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保护你的大树

新虫 (小有名气)

应该是模板里目的基因的拷贝太少的原因,建议你在普通PCR摸索一下反应条件,看看是否有条带,如果还是没有条带可能就是就是你的引物的问题,如果有条带,就分批次模板浓度,用最小的模板浓度但是能看见条带的作为定量模板量,而且反应条件和普通条件一直,如果普通的采用三步法你在定量上夜可以采用三步法,这样更加保险一点。
4楼2011-11-24 00:20:34
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shaquila

金虫 (正式写手)

同上,拷贝数太低,ct值太大了,溶解曲线也不大好,建议做个标曲试试噢....
5楼2011-11-24 11:37:57
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q307078056

银虫 (正式写手)

你的样品很珍贵啊?
浓度提高点!
然后,前端曲线不平整这是常有的事情,第一个扩增检测就采集的荧光肯定是仪器从零调整到本底荧光的,波动属于正常情况,建议你可以设置个程序,只采集后三十个循环的荧光曲线,那样的结果,会十分容易分析~
人生不是一种享受,而是一桩沉重异常的工作
6楼2011-11-24 12:23:16
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六妖妖

金虫 (正式写手)

扩增效率很低。要么优化反应条件,要么换引物。
7楼2012-05-25 22:17:24
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