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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 做表面模拟时为什么要加真空层（vacuum slab） ？
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voleyes

银虫 (正式写手)

[求助] 做表面模拟时为什么要加真空层（vacuum slab） ？

加上有什么意义，仅仅是为了在里面添加其他的分子吗？
加上以后在C方向也就有了周期性，如果我在表面上添加小分子后，那它跟顶上那层（考虑周期性也就是最下面那层）的作用怎么办？是不是要添加一个截断啊？
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1楼 2011-11-05 01:45:21
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

utdwang

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
uuv2010(金币+1): 多谢提示! 2011-11-05 11:38:53
voleyes(金币+1): 2011-11-05 16:24:17
To avoid any interactions between bottom and top surfaces, you have to add a vacuum with a thickness of around 10 A.
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Thekeytosuccessinnearlyeverythingisdailyaction
2楼2011-11-05 05:05:11
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fzx2008

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★
zzy870720z(金币+2): 谢谢建议 2011-11-06 10:14:06
voleyes(金币+2): 2011-11-07 09:10:46
引用回帖:
7楼: Originally posted by voleyes at 2011-11-05 23:59:48:
不是，下面有表面原子，固定了的，而小分子原来在表面上，后来就跑到上面去了

做分子动力学模拟，小分子跑远或者出现奇怪构型很正常
一般是取出分子动力学产生的合理构型，然后再结构优化
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8楼2011-11-06 09:46:48
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普通回帖

bingmou

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
uuv2010(金币+1): 多谢提示! 2011-11-05 11:39:03
voleyes(金币+1): 2011-11-05 16:24:34
如果不加，那不就是晶体了吗？
为了防止这种相互作用，真空层必须足够大，所以需要测试
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3楼2011-11-05 06:26:57
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xiaopowan

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
zzy870720z(金币+1): 鼓励交流 2011-11-05 12:23:05
voleyes(金币+1): 2011-11-05 16:24:41
为了防止这种相互作用，真空层必须足够大
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4楼2011-11-05 09:16:39
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voleyes

银虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by bingmou at 2011-11-05 06:26:57:
如果不加，那不就是晶体了吗？
为了防止这种相互作用，真空层必须足够大，所以需要测试

我都加到20埃了，用Discover做动力学模拟的时候，一部分小分子还是跑到上面去了，是不是还需要什么设置啊？
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5楼2011-11-05 16:19:29
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fzx2008

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★
mazuju028(金币+2): 谢谢交流 2011-11-06 14:30:01
引用回帖:
5楼: Originally posted by voleyes at 2011-11-05 16:19:29:
我都加到20埃了，用Discover做动力学模拟的时候，一部分小分子还是跑到上面去了，是不是还需要什么设置啊？

此为周期性的缘故
看似跑到上面去了，实际上是往下排斥了
你底层没有固定？
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6楼2011-11-05 16:22:55
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voleyes

银虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by fzx2008 at 2011-11-05 16:22:55:
此为周期性的缘故
看似跑到上面去了，实际上是往下排斥了
你底层没有固定？

不是，下面有表面原子，固定了的，而小分子原来在表面上，后来就跑到上面去了
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7楼2011-11-05 23:59:48
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vallen

银虫 (正式写手)
★ ★
ben_ladeng(金币+2): 谢谢参与 2011-11-07 06:45:02
引用回帖:
5楼: Originally posted by voleyes at 2011-11-05 16:19:29:
我都加到20埃了，用Discover做动力学模拟的时候，一部分小分子还是跑到上面去了，是不是还需要什么设置啊？

加到30埃试试
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9楼2011-11-06 23:24:13
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fyh987

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by voleyes at 2011-11-05 16:19:29:
我都加到20埃了，用Discover做动力学模拟的时候，一部分小分子还是跑到上面去了，是不是还需要什么设置啊？

请问楼主是如何加真空层的
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努力挑战自己
10楼2012-02-25 15:33:01
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