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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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dami251

银虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by gengcy at 2011-11-08 08:51:20:
用b3lyp做非键作用要慎重，如果非要用，一定要做BSSE，不然审稿时可能会怀疑你结果。报错的原因是输入结构的问题，建议做点技巧，比如先固定一部分原子优化，再全部放开优化整体或者，慢慢往上增加分子，具体只能 ...

非常抱歉，最近一直在做实验，所以没顾上回复。我现在尝试计算酒石酸酯和布洛芬的分子的相互作用，即结合能。具体分子形式见附件。感觉这两分子主要是通过氢键作用的。文献中有用B3LYP来计算氢键的，所以我就用B3LYP来算，但是计算顺利完成的很少，总是报错。。所以请教大侠，哪一些关键词适合计算我的体系啊，，苦思中。。两分子复合物的输入文件见下：
%Chk=L-tar-S-ibu.chk
%mem=6000MB
%nproc=8
#p b3lyp/6-31g opt

[No Title]

0   1
C  0          0.0000         0.0000         0.7584
C  0          0.0000         0.0000        -0.7584
H  0          0.1255         1.0199         1.1211
H  0         -0.1866        -1.0103        -1.1214
O  0         -1.2664        -0.5713         1.1940
H  0         -1.4355        -0.3165         2.1173
O  0         -1.0362         0.9257        -1.1936
H  0         -1.2825         0.7275        -2.1134
C  0          1.3198         0.5073        -1.3120
O  0          2.1888         1.1049        -0.6750
O  0          1.3855         0.2854        -2.6615
C  0          2.5802         0.7921        -3.3815
C  0          2.4344         0.3699        -4.8345
H  0          3.4640         0.3576        -2.9133
H  0          2.6154         1.8724        -3.2492
C  0          3.6627         0.7293        -5.6948
H  0          2.2742        -0.7105        -4.8617
H  0          1.5379         0.8334        -5.2560
H  0          3.5290         0.2791        -6.6835
H  0          4.5567         0.2608        -5.2671
C  0          3.9109         2.2390        -5.8675
C  0          5.0767         2.5544        -6.8207
H  0          4.1167         2.7011        -4.8958
H  0          2.9975         2.7134        -6.2460
C  0          5.3312         4.0595        -6.9880
H  0          5.9857         2.0691        -6.4489
H  0          4.8706         2.1076        -7.7996
H  0          6.1598         4.2487        -7.6734
H  0          4.4483         4.5664        -7.3857
H  0          5.5782         4.5263        -6.0311
C  0          1.1069        -0.8798         1.3127
O  0          1.7660        -1.7015         0.6736
O  0          1.2241        -0.6985         2.6648
C  0          2.2087        -1.5403         3.3889
C  0          2.2525        -1.0345         4.8216
H  0          3.1627        -1.4535         2.8724
H  0          1.8753        -2.5774         3.3285
C  0          3.1568        -1.8845         5.7373
H  0          2.5930         0.0044         4.8225
H  0          1.2339        -1.0334         5.2177
H  0          3.0345        -1.5253         6.7639
H  0          2.8050        -2.9229         5.7357
C  0          4.6535        -1.8533         5.3768
C  0          5.5318        -2.6126         6.3866
H  0          4.9885        -0.8109         5.3191
H  0          4.8113        -2.2820         4.3813
C  0          7.0247        -2.5916         6.0267
H  0          5.3896        -2.1789         7.3825
H  0          5.1867        -3.6502         6.4532
H  0          7.6186        -3.1364         6.7634
H  0          7.2017        -3.0514         5.0512
H  0          7.4050        -1.5679         5.9842
C  0          4.1258        -2.8706         0.0243
C  0          2.9189        -2.1587        -0.0387
C  0          2.8963        -0.7637        -0.0868
C  0          4.0915        -0.0313        -0.0728
C  0          5.3013        -0.7371        -0.0160
C  0          5.3186        -2.1315         0.0333
C  0          4.7095        -4.9158         1.4169
C  0          4.1309        -4.3950         0.0823
C  0          4.8691        -5.0185        -1.1225
C  0          4.1038         1.4998        -0.0918
C  0          3.3918         2.1158         1.1334
O  0          4.2120         2.4843        -2.3283
C  0          3.5488         2.0312        -1.3960
O  0          2.1677         1.9594        -1.4608
H  0          1.9832        -2.7049        -0.0522
H  0          1.9503        -0.2449        -0.1521
H  0          6.2368        -0.1914        -0.0117
H  0          6.2714        -2.6436         0.0769
H  0          4.6478        -6.0056         1.4629
H  0          5.7595        -4.6350         1.5270
H  0          4.1626        -4.5068         2.2681
H  0          3.0863        -4.7201         0.0295
H  0          4.7948        -6.1081        -1.0950
H  0          4.4444        -4.6711        -2.0656
H  0          5.9296        -4.7565        -1.1157
H  0          5.1458         1.8200        -0.0917
H  0          3.4652         3.2048         1.1206
H  0          3.8595         1.7499         2.0476
H  0          2.3376         1.8462         1.1499
H  0          1.8534         2.2847        -2.3269

R-布洛芬



L-酒石酸酯



二者复合物
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11楼2011-11-17 17:53:49
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dami251

银虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by baoyuan6969 at 2011-11-08 00:32:51:
如果是vdW相互作用建议用加色散作用的泛函做，
报错可能和你的输入文件写的有关系

请问您用B3LYP计算包含氢键作用的分子间相互作用力如何呢？我现在就是想模拟手性识别作用。具体分子见我回复上面的内容。如果可以使用该方法的话，该再加些什么限定呢？用B3lyp/6-31G不太行，老报错。。我是学化工的，一下子还真找不到解决办法。急求啊。。。
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12楼2011-11-17 19:00:52
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