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【答案】应助回帖
jack_1128(金币+2, 博学EPI+1): 不好意思，这个不懂，从来没做过计算方面的东西，谢谢了！！！ 2011-10-18 14:37:36
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使用Insight II 分子模拟软件包(Biosym Inc. , SanDiego , CA) 完成。溶剂可及表面积的计算采用Lee等定义的空间填充模型按照与bHb 溶剂可及表面积计算相同的方法进行。血红蛋白以二聚体形式存在,血红蛋白αβ二聚体进行了模拟研究。PEG修饰物分布在pHb 表面的形态是设计的关键。PEG修饰物在pHb 表面分布采用分子动力学方法模拟。由于PEG分子是高分子化合物,分子量大,直接对PEG 修饰pHb 作动力学计算存在较大困难, 选用20 个聚乙二醇结构单元的链状化合物作为模板,通过合理设计的连接物连接到可能被修饰的pHb 表面Lys 上,进行分子动力学计算，模拟PEG修饰pHb 表面行为。在作分子动力学计算之前,先通过分子力学优化消除不合理结构,然后进行100 ps 的分子动力学计算,获得模拟物的结构。pHbαβ二聚体中共有13 个Lys 适合通过合适的连接物进行PEG修饰,选择分子量大约5 kD 左右的PEG分子,可控制修饰后的pHb 分子不从肾小球滤过。PEG修饰pHb 对pHb 氧结合部位不会有影响,pHb 携氧能力将得到保持。pHb和bHb 的Lys 的保守性及其氨基的可及性表明修饰部位可能不同,保守的氨基酸性质可能会有一定的差别。使用计算机辅助合理设计的连接物可将PEG在温和条件下连接到pHb 上。 |
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