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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 16s rDN鉴定菌株，没有相似性
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qwky2010

金虫 (著名写手)

[求助] 16s rDN鉴定菌株，没有相似性

现在鉴定一株菌，16s rDNA测序结果正常，但是在ncbi序列比较发现没有与之接近的菌株，同源性95%以上的都是一些未培养微生物或者未知基因，这能说明什么情况，请有经验的指点下，谢谢了
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宝杰罗生物 宝杰罗生物

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天道酬勤
1楼 2011-10-17 22:37:54
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宝杰罗生物

捐助贵宾 (小有名气)

【答案】应助回帖

qwky2010(金币+2): 呵呵，谢谢啦 2011-10-18 13:24:37
这位同学恭喜你了，你的这株菌基本可以确定是新种，如果同源性在95%以下，可能为新属了；我这里能作新种鉴定。biogenro@yahoo.cn
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4楼2011-10-18 10:45:46
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girlfisher

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

qwky2010(金币+2): 呵呵，谢谢啦 2011-10-18 13:21:34
qwky2010(金币+2): 谢谢啦 2011-10-18 18:27:30
有可能是新种，不过应该是用克隆子测序才准确
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2楼2011-10-18 09:29:34
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power5

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

qwky2010(金币+2): 呵呵，谢谢啦 2011-10-18 13:22:41
克隆测序看一下。直接测序的误差大
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3楼2011-10-18 10:29:27
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老夏853

铁杆木虫 (著名写手)
★
zhang8826857(金币+1): 鼓励一下 2011-10-18 17:20:40
应该考虑
1  提交比对的序列 是不是去掉上下游引物的
2 16s 大概1500bp 需要两个反应从两头测，反应开始的几十个碱基一般归结为不可信区，就是说 可能存在误测但是也可以作为参考
所以建议去掉两端几十个碱基再进行比对。
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5楼2011-10-18 11:15:01
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