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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 16s rDN鉴定菌株，没有相似性
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qwky2010

金虫 (著名写手)

[求助] 16s rDN鉴定菌株，没有相似性

现在鉴定一株菌，16s rDNA测序结果正常，但是在ncbi序列比较发现没有与之接近的菌株，同源性95%以上的都是一些未培养微生物或者未知基因，这能说明什么情况，请有经验的指点下，谢谢了
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天道酬勤
1楼 2011-10-17 22:37:54
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girlfisher

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

qwky2010(金币+2): 呵呵，谢谢啦 2011-10-18 13:21:34
qwky2010(金币+2): 谢谢啦 2011-10-18 18:27:30
有可能是新种，不过应该是用克隆子测序才准确
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2楼2011-10-18 09:29:34
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power5

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

qwky2010(金币+2): 呵呵，谢谢啦 2011-10-18 13:22:41
克隆测序看一下。直接测序的误差大
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3楼2011-10-18 10:29:27
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宝杰罗生物

捐助贵宾 (小有名气)

【答案】应助回帖

qwky2010(金币+2): 呵呵，谢谢啦 2011-10-18 13:24:37
这位同学恭喜你了，你的这株菌基本可以确定是新种，如果同源性在95%以下，可能为新属了；我这里能作新种鉴定。biogenro@yahoo.cn
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4楼2011-10-18 10:45:46
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老夏853

铁杆木虫 (著名写手)
★
zhang8826857(金币+1): 鼓励一下 2011-10-18 17:20:40
应该考虑
1  提交比对的序列 是不是去掉上下游引物的
2 16s 大概1500bp 需要两个反应从两头测，反应开始的几十个碱基一般归结为不可信区，就是说 可能存在误测但是也可以作为参考
所以建议去掉两端几十个碱基再进行比对。
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5楼2011-10-18 11:15:01
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qwky2010

金虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by power5 at 2011-10-18 10:29:27:
克隆测序看一下。直接测序的误差大

什么叫克隆测序呢，能否详细些，谢谢了
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天道酬勤
6楼2011-10-18 13:23:04
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power5

金虫 (小有名气)
就是pcr以后连接到T载体，然后转化大肠杆菌，送带有质粒的大肠杆菌测序
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7楼2011-10-18 13:50:59
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494229644

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
zhang8826857(金币+1): 鼓励下，lz可以看看是不是新种啊 2011-10-18 17:21:13
qwky2010(金币+2): 呵呵，谢谢啊，运气成分哈， 2011-10-18 18:27:07
新种，意义重大！可以发一系列的文章。
我分了N多菌，没有一个新种，楼主好运气
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8楼2011-10-18 16:29:27
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liuhedong1817

木虫 (正式写手)

hello
还是要谨慎！
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老婆的头像
9楼2011-10-19 09:00:23
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hjxevolution

新虫 (小有名气)
★
zhang8826857(金币+1): 鼓励交流 2011-10-19 10:26:58
直接测序的前几十bp的序列和800bp之后的序列都不会则么准确 你要对照测序彩图 根据彩图峰型选择准确的序列 然后再进行比对 如果你直接把整个测序序列拿去比对 十有八九都是新种 谨慎！
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小虫进化中......
10楼2011-10-19 10:06:42
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