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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 序列上传网站
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eereer

新虫 (初入文坛)

[求助] 序列上传网站

求助：
    请问除了NCBI还有其他网站可以上传基因序列吗？
    相似度低于95%的序列，NCBI不接受怎么办？
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1楼 2011-10-17 16:28:05
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guye1

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2929962楼: Originally posted by 闲花落地 at 2011-10-24 09:54:31
我比较熟悉NCBI的序列上传。建议先通过NCBI的Blast软件进行比对，至少确定该序列所属的属。可到NCBI网站是直接上传该序列，不过需要把序列保存成Fasta格式，并且在前面加上一些内容，如“>Seq1  Monascus sp. St ...

你好，请问上传的序列是原始序列还是比对剪切后的序列，但是我的序列比对剪切后有一些序列完全相同了怎么办？
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水木年华
5楼2012-10-11 07:34:52
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billowzeng

金虫 (正式写手)
引用回帖:
1楼: Originally posted by eereer at 2011-10-17 16:28:05:
求助：
    请问除了NCBI还有其他网站可以上传基因序列吗？
    相似度低于95%的序列，NCBI不接受怎么办？

我也想知道这个问题呀，有其他网站（欧洲或日本都有一个数据库），不知道怎样提交。
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2楼2011-10-21 12:08:33
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yitiandeng

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

直接在NVBI下载一个批量也可以用于单条上传数据的软件sequin，打开里面有好几个数据库的选择，欧洲的和日本的都有，NCBI不接收？不可能吧
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3楼2011-10-21 21:57:55
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闲花落地

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

eereer(金币+12): 谢谢 2011-10-24 12:05:17
我比较熟悉NCBI的序列上传。建议先通过NCBI的Blast软件进行比对，至少确定该序列所属的属。可到NCBI网站是直接上传该序列，不过需要把序列保存成Fasta格式，并且在前面加上一些内容，如“>Seq1 [organism=Monascus sp.] Monascus sp. Strain M 18S rRNA gene, partial CDS”，后续按照提示一步一步填写。也可以采用Sequin软件上传。
其他的数据EMBL和DDBJ应该也有相关的上传序列的方式。
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4楼2011-10-24 09:54:31
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