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eereer

新虫 (初入文坛)

[求助] 序列上传网站

求助:
    请问除了NCBI还有其他网站可以上传基因序列吗?
    相似度低于95%的序列,NCBI不接受怎么办?
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guye1

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2929962楼: Originally posted by 闲花落地 at 2011-10-24 09:54:31
我比较熟悉NCBI的序列上传。建议先通过NCBI的Blast软件进行比对,至少确定该序列所属的属。可到NCBI网站是直接上传该序列,不过需要把序列保存成Fasta格式,并且在前面加上一些内容,如“>Seq1  Monascus sp. St ...

你好,请问上传的序列是原始序列还是比对剪切后的序列,但是我的序列比对剪切后有一些序列完全相同了怎么办?
水木年华
5楼2012-10-11 07:34:52
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billowzeng

金虫 (正式写手)

引用回帖:
1楼: Originally posted by eereer at 2011-10-17 16:28:05:
求助:
    请问除了NCBI还有其他网站可以上传基因序列吗?
    相似度低于95%的序列,NCBI不接受怎么办?

我也想知道这个问题呀,有其他网站(欧洲或日本都有一个数据库),不知道怎样提交。
2楼2011-10-21 12:08:33
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yitiandeng

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

直接在NVBI下载一个批量也可以用于单条上传数据的软件sequin,打开里面有好几个数据库的选择,欧洲的和日本的都有,NCBI不接收?不可能吧
3楼2011-10-21 21:57:55
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闲花落地

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

eereer(金币+12): 谢谢 2011-10-24 12:05:17
我比较熟悉NCBI的序列上传。建议先通过NCBI的Blast软件进行比对,至少确定该序列所属的属。可到NCBI网站是直接上传该序列,不过需要把序列保存成Fasta格式,并且在前面加上一些内容,如“>Seq1 [organism=Monascus sp.] Monascus sp. Strain M 18S rRNA gene, partial CDS”,后续按照提示一步一步填写。也可以采用Sequin软件上传。
其他的数据EMBL和DDBJ应该也有相关的上传序列的方式。
4楼2011-10-24 09:54:31
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