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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 真菌基因组DAN提取图片，求高人指点
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doudouxiong

铜虫 (小有名气)

[求助] 真菌基因组DAN提取图片，求高人指点

这是我提取的真菌基因组的DNA，因为材料量比较少的问题，因此采用液氮研磨，然后再用CTAB研磨，后用氯仿异戊醇抽提两次，然后用酒精洗，结果每次检测的图片都是这样，请问这是DNA降解还是蛋白质污染，如果是DNA降解，那么是我研磨的时候降解的吗？可能有那种情况就是研磨的时候把DNA研磨断了或者是破了导致的降解这一说法吗？
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1楼 2011-10-16 15:53:52
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Petter_JDW

木虫 (小有名气)
1.液氮研磨时候可以加一些石英砂，增加摩擦效果，就可以适当减少研磨时间；
2.尽量在冰上操作，研钵也要事先在-20度或-80度冰箱预冷；
3.可以加一些RNAase，提取过程尽量动作快 准 轻！
4.你用的染料是EB的话，RNA也会看得很清楚；如果要图好看可以试试Golden View，这个可能对RNA显色不太好；
5.其实，如果提基因组的重点一般是为了下游工作，你可以先做做看；只要可以继续下去没必要纠结于这个，对有的步骤追求完美是没意义的，也是费时耗力的；
祝顺利！！！！！
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17楼2011-10-21 22:06:19
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liukgg

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
amisking(金币+3): 鼓励应助发帖！ 2011-10-16 21:27:32
doudouxiong(金币+3): 我做的是锈菌的夏孢子，孢子壁相当厚，很难磨破的，哎，悲剧的 2011-10-18 23:55:25
蛋白污染的可能性大一些，因为点样孔那都有污染的情况发生。一般来说液氮研磨时应该不会将DNA破坏。试一下别的方法。《6种链霉菌基因组DNA提取方法比较》这篇文献里面讲了几种方法，可以试一下，我以前也是做的链霉菌的，没做过真菌的，但它们的相似度还是挺高的。
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山水凤凰
2楼2011-10-16 18:27:00
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547star

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
wanhscn(金币+1): 鼓励交流 2011-10-17 18:49:30
doudouxiong(金币+2): 2011-10-18 23:55:33
抽提前穿插加SDS和蛋白酶K处理看看。
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为什么
3楼2011-10-17 01:50:17
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怎么都行

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

遇上这种情况还不如多花点钱用试剂盒呢
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4楼2011-10-17 02:11:30
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