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gllen009

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 怎样把两个基因的序列串联起来并且生成FASAT格式?



我有两问题:

一、我想把两个基因序列串联做进化树,怎样把两个基因的序列串联起来并且生成FASAT格式?(注:我有几百个序列要连接)

二、MAFFT怎样用来序列比对?自己琢磨了半天还是没懂啊 有木有啥学习  参考资料可以提供呢  


大家帮我出出主意
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chenguestc

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
amisking(金币+5): 鼓励应助。 2011-09-29 21:32:52
具体拼接引自小木虫原来的帖子(http://muchong.com/html/201101/2742400.html
),内容如下:
打开DANMAN,sequence菜单下选择sequence assembly,然后在add file中加入待拼接的2条序列,点assemble,然后点show result,最后export consensus  sequence得到拼接好的序列。
有时需要将其中的一个序列存成Reverse and Complement 的形式,再拼接才是正确的
然后,将拼接序列输入到MEGA4打开,然后保存成FASTA格式即可。
方法有点麻烦,如果其他虫子有好方法多发言。
2楼2011-09-29 19:04:12
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gllen009

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by chenguestc at 2011-09-29 19:04:12:
具体拼接引自小木虫原来的帖子(http://muchong.com/html/201101/2742400.html
),内容如下:
打开DANMAN,sequence菜单下选择sequence assembly,然后在add file中加入待拼接的2条序列,点assemble, ...

那你有DANMAN这个软件么
3楼2011-09-30 09:27:05
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gllen009

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by chenguestc at 2011-09-29 19:04:12:
具体拼接引自小木虫原来的帖子(http://muchong.com/html/201101/2742400.html
),内容如下:
打开DANMAN,sequence菜单下选择sequence assembly,然后在add file中加入待拼接的2条序列,点assemble, ...

呵呵  我找到了这个软件了  谢谢呀
4楼2011-09-30 09:34:38
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gllen009

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by chenguestc at 2011-09-29 19:04:12:
具体拼接引自小木虫原来的帖子(http://muchong.com/html/201101/2742400.html
),内容如下:
打开DANMAN,sequence菜单下选择sequence assembly,然后在add file中加入待拼接的2条序列,点assemble, ...

拼接是需要什么格式?FASTA格式不行么?
5楼2011-09-30 09:45:14
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chenguestc

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

gllen009(金币+10): 谢谢耐心 细致的解答 2011-10-01 19:55:49
引用回帖:
5楼: Originally posted by gllen009 at 2011-09-30 09:45:14:
拼接是需要什么格式?FASTA格式不行么?

不论什么格式MEGA4都可以给你输出FASTA.
DNAMAN保存为SEQ格式或者TXT格式,好像不能直接FASTA啊
6楼2011-09-30 13:39:46
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