| 查看: 2889 | 回复: 14 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
Illusionist银虫 (正式写手)
|
[求助]
计算两个分子相互作用
|
||
|
想要计算两个含有苯环的平面结构的有机分子相互作用 距离3.3A左右 结果发现两个分子靠近后总能量并没有减少。 用MS的DMOL3算的，结果算得0 再用g09算，也是不理想。文献是15Kj/mol左右，我只算了3Kj/mol。 应该怎么算才对。 还有这种计算是g09精度高还是MS的DMOL精度高。 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 高斯 |
» 猜你喜欢
欢迎化学、化工、物理、材料、或计算机背景的考研咨询
已经有0人回复
-
招生材料与化工、环境科学调剂研究生
已经有5人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有132人回复
-
河南理工大学化工学院招收调剂生啦！
已经有1人回复
-
湖南大学刘巧玲课题组2026年博士研究生招生信息
已经有28人回复
-
南方科技大学表面催化反应动力学研究课题组招收2026届博士生
已经有1人回复
-
招收博士一名-宁波大学
已经有0人回复
-
北京邮电大学物理学院老师招收博士生
已经有3人回复
-
Comsol 6.0 桶内肥料产热产湿过程模拟求助
已经有1人回复
-
面上再次挂了，太难了，躺也躺不了，倦也卷不过，小学校之殇！
已经有37人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 怎么能用量子化学计算含氮杂环芳香化合物与水分子的相互作用
已经有17人回复
- 分子间的两个苯环之间有Π...Π相互作用两个苯环之间的距离一般是多少
已经有5人回复
- 请问在Gaussian计算中怎样考虑弱相互作用？
已经有23人回复
- 如何用dmol3计算两个分子相互作用。
已经有5人回复
- 【求助】优化：怎样找到一个两个分子之间的相对位置
已经有26人回复
- 【求助】高斯计算分子结合能
已经有8人回复
- 【求助】请问有拟合分子力场参数的FORTRAN程序吗？
已经有13人回复
- 【求助】用ms计算两个分子的相互作用势
已经有20人回复
- 【讨论】如何计算两分子间的有效相互作用力
已经有12人回复
lihb734
铁杆木虫 (职业作家)
站在计算化学入门的门槛上
- QC强帖: 2
- 应助: 132 (高中生)
- 金币: 7495.4
- 散金: 9378
- 红花: 74
- 帖子: 3107
- 在线: 1177.3小时
- 虫号: 448403
- 注册: 2007-11-01
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
5楼2011-09-29 14:52:08
2楼2011-09-29 13:10:13
lihb734
铁杆木虫 (职业作家)
站在计算化学入门的门槛上
- QC强帖: 2
- 应助: 132 (高中生)
- 金币: 7495.4
- 散金: 9378
- 红花: 74
- 帖子: 3107
- 在线: 1177.3小时
- 虫号: 448403
- 注册: 2007-11-01
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
3楼2011-09-29 14:02:15
Illusionist
银虫 (正式写手)
- 应助: 20 (小学生)
- 金币: 232.8
- 散金: 1001
- 红花: 15
- 帖子: 431
- 在线: 329.1小时
- 虫号: 1123329
- 注册: 2010-10-15
- 专业: 半导体晶体与薄膜材料
|
我使用的是MS5.5 DMOL3模块算的，先算单分子，在算两个分子，然后E（两个分子）-2*E（单分子）。我并没有建立超胞使用周期结构，这样速度会快很多。 G09是别人帮我算的。我觉得对于有机物来说，可能G09会准确些，所以在这里求助。 首先进行了几何优化： # Task parameters Calculate optimize Opt_energy_convergence 1.0000e-005 Opt_gradient_convergence 2.0000e-003 A Opt_displacement_convergence 5.0000e-003 A Opt_iterations 50 Opt_max_displacement 0.3000 A Initial_hessian improved Symmetry on Max_memory 2048 # Electronic parameters Spin_polarization restricted Charge 0 Basis dnp Pseudopotential none Functional gga(p91) Aux_density octupole Integration_grid fine Occupation fermi Cutoff_Global 3.7000 angstrom Scf_density_convergence 1.0000e-006 Scf_charge_mixing 0.2000 Scf_iterations 50 Scf_diis 6 pulay # Print options Print eigval_last_it # Calculated properties 然后计算能量 # Task parameters Calculate energy Symmetry on Max_memory 2048 # Electronic parameters Spin_polarization restricted Charge 0 Basis dnp Pseudopotential none Functional pwc Harris off Aux_density octupole Integration_grid fine Occupation fermi Cutoff_Global 3.7000 angstrom Scf_density_convergence 1.0000e-006 Scf_charge_mixing 0.2000 Scf_iterations 50 Scf_diis 6 pulay # Print options Print eigval_last_it # Calculated properties 结果显示， 单个分子的总能量： Energy components: Sum of atomic energies = -1195.7413022Ha Kinetic = -12.9964458Ha Electrostatic = -0.8916723Ha Exchange-correlation = 3.0765993Ha Spin polarization = 2.0531628Ha 两个分子的总能量： Energy components: Sum of atomic energies = -2391.4826044Ha Kinetic = -25.1271925Ha Electrostatic = -2.6622324Ha Exchange-correlation = 6.1452670Ha Spin polarization = 4.1063257Ha 这样一来，两个分子的总能量并没有减少，就好象这两个分子并没有作用一样。 |
4楼2011-09-29 14:45:11
