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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 计算两个分子相互作用
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Illusionist

银虫 (正式写手)

[求助] 计算两个分子相互作用

想要计算两个含有苯环的平面结构的有机分子相互作用
距离3.3A左右
结果发现两个分子靠近后总能量并没有减少。
用MS的DMOL3算的，结果算得0

再用g09算，也是不理想。文献是15Kj/mol左右，我只算了3Kj/mol。

应该怎么算才对。
还有这种计算是g09精度高还是MS的DMOL精度高。
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1楼 2011-09-29 10:53:50
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manson1998

金虫 (著名写手)

OLED达人

【答案】应助回帖

★ ★
gmy1990(金币+2): 2011-09-29 14:17:11
Illusionist(金币+1): 2011-09-29 14:39:15
ensure the construction and enviroment of the system same to what the reference describes.
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惺惺相惜情不自禁
2楼2011-09-29 13:10:13
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lihb734

铁杆木虫 (职业作家)

站在计算化学入门的门槛上

【答案】应助回帖

Illusionist(金币+1): 2011-09-29 14:39:20
理论水平都没有说，别人怎么知道你是如何算的了？
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前途光明，出路难觅！
3楼2011-09-29 14:02:15
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Illusionist

银虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by lihb734 at 2011-09-29 14:02:15:
理论水平都没有说，别人怎么知道你是如何算的了？

我使用的是MS5.5  DMOL3模块算的，先算单分子，在算两个分子，然后E（两个分子）-2*E（单分子）。我并没有建立超胞使用周期结构，这样速度会快很多。

G09是别人帮我算的。我觉得对于有机物来说，可能G09会准确些，所以在这里求助。

首先进行了几何优化：
# Task parameters
Calculate                     optimize
Opt_energy_convergence        1.0000e-005
Opt_gradient_convergence      2.0000e-003 A
Opt_displacement_convergence  5.0000e-003 A
Opt_iterations                50
Opt_max_displacement          0.3000 A
Initial_hessian               improved
Symmetry                      on
Max_memory                    2048

# Electronic parameters
Spin_polarization             restricted
Charge                        0
Basis                         dnp
Pseudopotential               none
Functional                    gga(p91)
Aux_density                   octupole
Integration_grid              fine
Occupation                    fermi
Cutoff_Global                 3.7000 angstrom
Scf_density_convergence       1.0000e-006
Scf_charge_mixing             0.2000
Scf_iterations                50
Scf_diis                      6 pulay

# Print options
Print                         eigval_last_it

# Calculated properties

然后计算能量

# Task parameters
Calculate                     energy
Symmetry                      on
Max_memory                    2048

# Electronic parameters
Spin_polarization             restricted
Charge                        0
Basis                         dnp
Pseudopotential               none
Functional                    pwc
Harris                        off
Aux_density                   octupole
Integration_grid              fine
Occupation                    fermi
Cutoff_Global                 3.7000 angstrom
Scf_density_convergence       1.0000e-006
Scf_charge_mixing             0.2000
Scf_iterations                50
Scf_diis                      6 pulay

# Print options
Print                         eigval_last_it

# Calculated properties

结果显示，
单个分子的总能量：
Energy components:
   Sum of atomic energies =    -1195.7413022Ha
                  Kinetic =      -12.9964458Ha
            Electrostatic =       -0.8916723Ha
     Exchange-correlation =        3.0765993Ha
        Spin polarization =        2.0531628Ha
两个分子的总能量：
Energy components:
   Sum of atomic energies =    -2391.4826044Ha
                  Kinetic =      -25.1271925Ha
            Electrostatic =       -2.6622324Ha
     Exchange-correlation =        6.1452670Ha
        Spin polarization =        4.1063257Ha
这样一来，两个分子的总能量并没有减少，就好象这两个分子并没有作用一样。
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4楼2011-09-29 14:45:11
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lihb734

铁杆木虫 (职业作家)

站在计算化学入门的门槛上

【答案】应助回帖

★ ★
Illusionist(金币+1): 2011-09-29 15:11:54
Illusionist(金币+1): 2011-09-29 15:25:20
gmy1990(金币+2): 2011-09-29 16:06:13
这些泛函不适合与弱相互作用的计算，让你同学帮你算M062X或者B97D泛函再试一试吧。
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前途光明，出路难觅！
5楼2011-09-29 14:52:08
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Illusionist

银虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by lihb734 at 2011-09-29 14:52:08:
这些泛函不适合与弱相互作用的计算，让你同学帮你算M062X或者B97D泛函再试一试吧。

M062X或者B97D
我在gaussView里怎么找不到啊·····
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6楼2011-09-29 15:23:08
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lihb734

铁杆木虫 (职业作家)

站在计算化学入门的门槛上

【答案】应助回帖

★ ★ ★
Illusionist(金币+2): 2011-09-29 15:43:38
小红豆(金币+3): 感谢交流 2011-09-29 20:37:08
G09才有的,gv太不智能。自己手动指认吧。
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前途光明，出路难觅！
7楼2011-09-29 15:42:24
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Illusionist

银虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by lihb734 at 2011-09-29 15:42:24:
G09才有的,gv太不智能。自己手动指认吧。

%chk=boxd.chk
# hf/M062X geom=connectivity

这样对么？
我新手··只会用GV。
谢谢你啊····
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8楼2011-09-29 15:53:09
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Illusionist

银虫 (正式写手)
★ ★ ★
小红豆(金币+3): 谢谢 2011-10-02 14:34:45
引用回帖:
7楼: Originally posted by lihb734 at 2011-09-29 15:42:24:
G09才有的,gv太不智能。自己手动指认吧。

M062X/6-311+G(2df,2p)
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9楼2011-09-29 16:03:12
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雨晨田木

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
小红豆(金币+3): 感谢交流 2011-09-29 20:37:19
Illusionist(金币+2): 谢谢 2011-09-30 09:07:06
可以试试cc-pvtz基组,能量要用ccsd算,还要做零点能校正和基组超越校正。具体你可以看这个文献：Interactions of Boranes and Carboranes with Aromatic Systems: CCSD(T) Complete Basis Set Calculations and DFT-SAPT Analysis of Energy Components （JPCA）10.1021/jp104411x
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[url=http://ip.WoTuLa.com][img]http://i.WoTuLa.com/note.png?name=雨晨田木&say=不要太辛苦哦。[/img][/url]
10楼2011-09-29 18:43:24
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