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Illusionist银虫 (正式写手)
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计算两个分子相互作用
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想要计算两个含有苯环的平面结构的有机分子相互作用 距离3.3A左右 结果发现两个分子靠近后总能量并没有减少。 用MS的DMOL3算的，结果算得0 再用g09算，也是不理想。文献是15Kj/mol左右，我只算了3Kj/mol。 应该怎么算才对。 还有这种计算是g09精度高还是MS的DMOL精度高。 |
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2楼2011-09-29 13:10:13
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3楼2011-09-29 14:02:15
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我使用的是MS5.5 DMOL3模块算的，先算单分子，在算两个分子，然后E（两个分子）-2*E（单分子）。我并没有建立超胞使用周期结构，这样速度会快很多。 G09是别人帮我算的。我觉得对于有机物来说，可能G09会准确些，所以在这里求助。 首先进行了几何优化： # Task parameters Calculate optimize Opt_energy_convergence 1.0000e-005 Opt_gradient_convergence 2.0000e-003 A Opt_displacement_convergence 5.0000e-003 A Opt_iterations 50 Opt_max_displacement 0.3000 A Initial_hessian improved Symmetry on Max_memory 2048 # Electronic parameters Spin_polarization restricted Charge 0 Basis dnp Pseudopotential none Functional gga(p91) Aux_density octupole Integration_grid fine Occupation fermi Cutoff_Global 3.7000 angstrom Scf_density_convergence 1.0000e-006 Scf_charge_mixing 0.2000 Scf_iterations 50 Scf_diis 6 pulay # Print options Print eigval_last_it # Calculated properties 然后计算能量 # Task parameters Calculate energy Symmetry on Max_memory 2048 # Electronic parameters Spin_polarization restricted Charge 0 Basis dnp Pseudopotential none Functional pwc Harris off Aux_density octupole Integration_grid fine Occupation fermi Cutoff_Global 3.7000 angstrom Scf_density_convergence 1.0000e-006 Scf_charge_mixing 0.2000 Scf_iterations 50 Scf_diis 6 pulay # Print options Print eigval_last_it # Calculated properties 结果显示， 单个分子的总能量： Energy components: Sum of atomic energies = -1195.7413022Ha Kinetic = -12.9964458Ha Electrostatic = -0.8916723Ha Exchange-correlation = 3.0765993Ha Spin polarization = 2.0531628Ha 两个分子的总能量： Energy components: Sum of atomic energies = -2391.4826044Ha Kinetic = -25.1271925Ha Electrostatic = -2.6622324Ha Exchange-correlation = 6.1452670Ha Spin polarization = 4.1063257Ha 这样一来，两个分子的总能量并没有减少，就好象这两个分子并没有作用一样。 |
4楼2011-09-29 14:45:11
lihb734
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9楼2011-09-29 16:03:12
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小红豆(金币+3): 感谢交流 2011-09-29 20:37:19
Illusionist(金币+2): 谢谢 2011-09-30 09:07:06
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Illusionist(金币+2): 谢谢 2011-09-30 09:07:06
| 可以试试cc-pvtz基组,能量要用ccsd算,还要做零点能校正和基组超越校正。具体你可以看这个文献：Interactions of Boranes and Carboranes with Aromatic Systems: CCSD(T) Complete Basis Set Calculations and DFT-SAPT Analysis of Energy Components （JPCA）10.1021/jp104411x |
10楼2011-09-29 18:43:24
30