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用Material Studio构建表面模型（zz）
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Material Studio是一款功能强大的软件，其功能当然不仅仅限于构造模型。在这里，我们就牛刀小试，用Material Studio来构建我们所感兴趣的吸附表面。最简单的(111)或者(100)面比较容易，但是稍微复杂点的，比如(110)面的构造如果是手工就要稍花力气。而Material Studio这套软件可以轻易的构造大多数晶体的任意切面。我们以构造Pt(110)表面为例，主要过程如下： 第一, import 一个晶格体系,在structure目录里可以选择metal/pure-metal,找到Pt的晶格文件.倒入后，我们可以看到Pt是fcc密堆结构。 第二, 选择build->cleave surface . 然后在cleave plane对话框里设定需要解理的晶面指数, 这里我们选择1 1 0。 第三, 选择layer 的厚度, 就在depth里选择 fraction,也就是重复的晶面数,注意这里不是周期数。如果是三层的 在depth里设定6就好了。没有把握的话,可以随便设定一定depth值,cleave之后还可以根据厚度来recleave. 第四, 同样在build->crystal选项里选择bulid->vacuum slab 设定真空层厚度。在这里，我们设定真空层厚度为10A。 到这里就差不多已经搞定Pt(110)表面的构筑了。构造完的Pt(110)表面如下图所示 最后，我们可以用File$\rightarrow$Export菜单把它导出成cif或者pdb文件。以pdb文件为例，以下是导出的pdb文件 REMARK Materials Studio PDB file REMARK Created: Sat Oct 21 06:15:00 Pacific Standard Time 2006 CRYST1 3.924 2.775 25.260 90.00 90.00 90.00 P1 ATOM 1 PT1 MOL 2 -7.848 -11.772 0.000 1.00 0.00 Pt ATOM 2 PT1 MOL 2 -7.848 -7.848 0.000 1.00 0.00 Pt ATOM 3 PT1 MOL 2 -3.924 -7.848 0.000 1.00 0.00 Pt ATOM 4 PT1 MOL 2 -3.924 -3.924 0.000 1.00 0.00 Pt ATOM 5 PT1 MOL 2 0.000 -3.924 0.000 1.00 0.00 Pt ATOM 6 PT1 MOL 2 0.000 0.000 0.000 1.00 0.00 Pt ATOM 7 PT1 MOL 2 -7.848 -9.810 1.962 1.00 0.00 Pt ATOM 8 PT1 MOL 2 -3.924 -5.886 1.962 1.00 0.00 Pt ATOM 9 PT1 MOL 2 0.000 -1.962 1.962 1.00 0.00 Pt ATOM 10 PT1 MOL 2 -9.810 -11.772 1.962 1.00 0.00 Pt ATOM 11 PT1 MOL 2 -5.886 -7.848 1.962 1.00 0.00 Pt ATOM 12 PT1 MOL 2 -1.962 -3.924 1.962 1.00 0.00 Pt TER 可见，文件中从第6列到第8列的坐标即为相应的Pt的直角坐标，而第三行中的内容分别是基矢的长度和相对的夹角。有了这些信息，我们就可以非常容易的将Pt的结构信息用到VASP等其他程序的输入文件中。 Material Studio是一款功能强大的软件，其功能当然不仅仅限于构造模型。在这里，我们就牛刀小试，用Material Studio来构建我们所感兴趣的吸附表面。最简单的(111)或者(100)面比较容易，但是稍微复杂点的，比如(110)面的构造如果是手工就要稍花力气。而Material Studio这套软件可以轻易的构造大多数晶体的任意切面。我们以构造Pt(110)表面为例，主要过程如下： 第一, import 一个晶格体系,在structure目录里可以选择metal/pure-metal,找到Pt的晶格文件.倒入后，我们可以看到Pt是fcc密堆结构。 第二, 选择build->cleave surface . 然后在cleave plane对话框里设定需要解理的晶面指数, 这里我们选择1 1 0。 第三, 选择layer 的厚度, 就在depth里选择 fraction,也就是重复的晶面数,注意这里不是周期数。如果是三层的 在depth里设定6就好了。没有把握的话,可以随便设定一定depth值,cleave之后还可以根据厚度来recleave. 第四, 同样在build->crystal选项里选择bulid->vacuum slab 设定真空层厚度。在这里，我们设定真空层厚度为10A。 到这里就差不多已经搞定Pt(110)表面的构筑了。构造完的Pt(110)表面如下图所示 最后，我们可以用File$\rightarrow$Export菜单把它导出成cif或者pdb文件。以pdb文件为例，以下是导出的pdb文件 REMARK Materials Studio PDB file REMARK Created: Sat Oct 21 06:15:00 Pacific Standard Time 2006 CRYST1 3.924 2.775 25.260 90.00 90.00 90.00 P1 ATOM 1 PT1 MOL 2 -7.848 -11.772 0.000 1.00 0.00 Pt ATOM 2 PT1 MOL 2 -7.848 -7.848 0.000 1.00 0.00 Pt ATOM 3 PT1 MOL 2 -3.924 -7.848 0.000 1.00 0.00 Pt ATOM 4 PT1 MOL 2 -3.924 -3.924 0.000 1.00 0.00 Pt ATOM 5 PT1 MOL 2 0.000 -3.924 0.000 1.00 0.00 Pt ATOM 6 PT1 MOL 2 0.000 0.000 0.000 1.00 0.00 Pt ATOM 7 PT1 MOL 2 -7.848 -9.810 1.962 1.00 0.00 Pt ATOM 8 PT1 MOL 2 -3.924 -5.886 1.962 1.00 0.00 Pt ATOM 9 PT1 MOL 2 0.000 -1.962 1.962 1.00 0.00 Pt ATOM 10 PT1 MOL 2 -9.810 -11.772 1.962 1.00 0.00 Pt ATOM 11 PT1 MOL 2 -5.886 -7.848 1.962 1.00 0.00 Pt ATOM 12 PT1 MOL 2 -1.962 -3.924 1.962 1.00 0.00 Pt TER 可见，文件中从第6列到第8列的坐标即为相应的Pt的直角坐标，而第三行中的内容分别是基矢的长度和相对的夹角。有了这些信息，我们就可以非常容易的将Pt的结构信息用到VASP等其他程序的输入文件中。 |
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2楼2006-12-05 11:14:53
4楼2006-12-06 15:29:03
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