| 查看: 7129 | 回复: 22 | ||||||||||
| 【奖励】 本帖被评价13次，作者xinjiang增加金币 10 个 | ||||||||||
| 当前主题已经存档。 | ||||||||||
[资源]
用Material Studio构建表面模型（zz）
|
||||||||||
|
Material Studio是一款功能强大的软件，其功能当然不仅仅限于构造模型。在这里，我们就牛刀小试，用Material Studio来构建我们所感兴趣的吸附表面。最简单的(111)或者(100)面比较容易，但是稍微复杂点的，比如(110)面的构造如果是手工就要稍花力气。而Material Studio这套软件可以轻易的构造大多数晶体的任意切面。我们以构造Pt(110)表面为例，主要过程如下： 第一, import 一个晶格体系,在structure目录里可以选择metal/pure-metal,找到Pt的晶格文件.倒入后，我们可以看到Pt是fcc密堆结构。 第二, 选择build->cleave surface . 然后在cleave plane对话框里设定需要解理的晶面指数, 这里我们选择1 1 0。 第三, 选择layer 的厚度, 就在depth里选择 fraction,也就是重复的晶面数,注意这里不是周期数。如果是三层的 在depth里设定6就好了。没有把握的话,可以随便设定一定depth值,cleave之后还可以根据厚度来recleave. 第四, 同样在build->crystal选项里选择bulid->vacuum slab 设定真空层厚度。在这里，我们设定真空层厚度为10A。 到这里就差不多已经搞定Pt(110)表面的构筑了。构造完的Pt(110)表面如下图所示 最后，我们可以用File$\rightarrow$Export菜单把它导出成cif或者pdb文件。以pdb文件为例，以下是导出的pdb文件 REMARK Materials Studio PDB file REMARK Created: Sat Oct 21 06:15:00 Pacific Standard Time 2006 CRYST1 3.924 2.775 25.260 90.00 90.00 90.00 P1 ATOM 1 PT1 MOL 2 -7.848 -11.772 0.000 1.00 0.00 Pt ATOM 2 PT1 MOL 2 -7.848 -7.848 0.000 1.00 0.00 Pt ATOM 3 PT1 MOL 2 -3.924 -7.848 0.000 1.00 0.00 Pt ATOM 4 PT1 MOL 2 -3.924 -3.924 0.000 1.00 0.00 Pt ATOM 5 PT1 MOL 2 0.000 -3.924 0.000 1.00 0.00 Pt ATOM 6 PT1 MOL 2 0.000 0.000 0.000 1.00 0.00 Pt ATOM 7 PT1 MOL 2 -7.848 -9.810 1.962 1.00 0.00 Pt ATOM 8 PT1 MOL 2 -3.924 -5.886 1.962 1.00 0.00 Pt ATOM 9 PT1 MOL 2 0.000 -1.962 1.962 1.00 0.00 Pt ATOM 10 PT1 MOL 2 -9.810 -11.772 1.962 1.00 0.00 Pt ATOM 11 PT1 MOL 2 -5.886 -7.848 1.962 1.00 0.00 Pt ATOM 12 PT1 MOL 2 -1.962 -3.924 1.962 1.00 0.00 Pt TER 可见，文件中从第6列到第8列的坐标即为相应的Pt的直角坐标，而第三行中的内容分别是基矢的长度和相对的夹角。有了这些信息，我们就可以非常容易的将Pt的结构信息用到VASP等其他程序的输入文件中。 Material Studio是一款功能强大的软件，其功能当然不仅仅限于构造模型。在这里，我们就牛刀小试，用Material Studio来构建我们所感兴趣的吸附表面。最简单的(111)或者(100)面比较容易，但是稍微复杂点的，比如(110)面的构造如果是手工就要稍花力气。而Material Studio这套软件可以轻易的构造大多数晶体的任意切面。我们以构造Pt(110)表面为例，主要过程如下： 第一, import 一个晶格体系,在structure目录里可以选择metal/pure-metal,找到Pt的晶格文件.倒入后，我们可以看到Pt是fcc密堆结构。 第二, 选择build->cleave surface . 然后在cleave plane对话框里设定需要解理的晶面指数, 这里我们选择1 1 0。 第三, 选择layer 的厚度, 就在depth里选择 fraction,也就是重复的晶面数,注意这里不是周期数。如果是三层的 在depth里设定6就好了。没有把握的话,可以随便设定一定depth值,cleave之后还可以根据厚度来recleave. 第四, 同样在build->crystal选项里选择bulid->vacuum slab 设定真空层厚度。在这里，我们设定真空层厚度为10A。 到这里就差不多已经搞定Pt(110)表面的构筑了。构造完的Pt(110)表面如下图所示 最后，我们可以用File$\rightarrow$Export菜单把它导出成cif或者pdb文件。以pdb文件为例，以下是导出的pdb文件 REMARK Materials Studio PDB file REMARK Created: Sat Oct 21 06:15:00 Pacific Standard Time 2006 CRYST1 3.924 2.775 25.260 90.00 90.00 90.00 P1 ATOM 1 PT1 MOL 2 -7.848 -11.772 0.000 1.00 0.00 Pt ATOM 2 PT1 MOL 2 -7.848 -7.848 0.000 1.00 0.00 Pt ATOM 3 PT1 MOL 2 -3.924 -7.848 0.000 1.00 0.00 Pt ATOM 4 PT1 MOL 2 -3.924 -3.924 0.000 1.00 0.00 Pt ATOM 5 PT1 MOL 2 0.000 -3.924 0.000 1.00 0.00 Pt ATOM 6 PT1 MOL 2 0.000 0.000 0.000 1.00 0.00 Pt ATOM 7 PT1 MOL 2 -7.848 -9.810 1.962 1.00 0.00 Pt ATOM 8 PT1 MOL 2 -3.924 -5.886 1.962 1.00 0.00 Pt ATOM 9 PT1 MOL 2 0.000 -1.962 1.962 1.00 0.00 Pt ATOM 10 PT1 MOL 2 -9.810 -11.772 1.962 1.00 0.00 Pt ATOM 11 PT1 MOL 2 -5.886 -7.848 1.962 1.00 0.00 Pt ATOM 12 PT1 MOL 2 -1.962 -3.924 1.962 1.00 0.00 Pt TER 可见，文件中从第6列到第8列的坐标即为相应的Pt的直角坐标，而第三行中的内容分别是基矢的长度和相对的夹角。有了这些信息，我们就可以非常容易的将Pt的结构信息用到VASP等其他程序的输入文件中。 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 第一性原理 | 第一原理资料汇编 | 计算MS等 | 多孔材料 |
| 量化计算有意义的讨论 | 量化经验 | 科研经验 |
» 猜你喜欢
有多少人是今天查系统知道结果的？
已经有17人回复
-
国自然面上复盘~欢迎讨论
已经有12人回复
-
为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难
已经有9人回复
-
售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急
已经有3人回复
-
哪位高人中了，把查询到的截图贴出来让我看看，让我长长见识
已经有6人回复
-
售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有4人回复
-
面上合作单位盖章
已经有5人回复
-
导师吐槽：我怎么摊上了这么个极品研究生！
已经有7人回复
-
申请删除本帖
已经有7人回复
-
基金不中，共勉
已经有10人回复
2楼2006-12-05 11:14:53
3楼2006-12-05 17:45:46
4楼2006-12-06 15:29:03
，支持你，加油 5楼2006-12-07 14:40:33
6楼2006-12-08 09:19:53
8楼2006-12-11 21:30:16
11楼2006-12-13 00:41:18
12楼2006-12-24 15:20:29
13楼2006-12-25 09:35:24
14楼2007-03-31 19:08:15
15楼2007-04-16 09:56:04
17楼2007-08-16 21:43:42
18楼2007-08-22 20:23:05
20楼2007-10-26 08:39:36
21楼2007-11-14 12:07:43
23楼2007-12-05 09:57:00
简单回复
bubu787楼
2006-12-11 20:46
回复
HAO
2006-12-12 17:05
回复
luzhijian10楼
2006-12-12 19:10
回复
逍16楼
2007-08-16 15:51
回复
支持你
sandy_lau19楼
2007-10-26 08:38
回复
cometring22楼
2007-12-03 22:51
回复
支持！！
10