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tianhuijuan金虫 (小有名气)
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[求助]
悬赏引物设计问题
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Forward primer : 5′-gCCggATCCTAgAAgAAATTTCTgCCATggT-3′ (BamH Ⅰ) Reverse primer: 5′-GGCCGGCTCGAGTCCTCAGCAAACTTCTCAG-3′ (Xho Ⅰ )请问这两条引物设计的是否合适，能否形成发卡结构？ [ Last edited by tianhuijuan on 2011-9-21 at 12:52 ] |
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tianhuijuan
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2楼2011-09-21 13:17:55
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adslye(金币+2): 鼓励交流~国庆快乐~ 2011-09-30 17:07:45
adslye(金币+2): 鼓励交流~国庆快乐~ 2011-09-30 17:07:45
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如果PCR能成功的话那说明引物应该是没问题的，后面的步骤需要你一步步去认证具体哪一步出现问题才能找到解决方案，如第一步的酶切是否将酶切位点切开，如果酶切不成功，那后面的肯定是做不了的，我以前用的酶切位点保护碱基是导师给的，后来发现百度上都能搜到，对照了下发现跟你的不同，不知道这个会不会影响你的实验：BamH1：CG或CGC，下游引物XhoI：CCG CTCGAG CGG 另外，我发现你的Reverse primer写的时候从5'—3'的，但PCR扩增的时候是3'—5'的，那么你的XhoI位点反过来后就不是XhoI位点了吧？ 因此你设计的时候应该写成GAGCTC吧？ |
4楼2011-09-22 15:01:33
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adslye(金币+2): 很仔细，鼓励~国庆快乐~ 2011-09-30 17:08:01
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4楼说的不全对吧，反向引物扩增的时候也是按5’-3’方向进行，所以不能把酶切位点变成互补碱基。 |
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tianhuijuan5楼2011-09-22 15:57:06
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