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1006094470

金虫 (小有名气)

[求助] 用MS的castep做完几何优化后如何查看优化后的结构

我们用的是盗版的MS,计算时需要先save files 再把其中的*.cell文件*.param文件*.param.cell文件还有赝势文件一起投到server中,计算完成后在*.param.castep中说:
Writing model to *.param.check   
Writing analysis data to *.param.castep_bin
*.param.check文件用MS打不开,请问用什么方法可以看到服务器算完的最后结构还有服务器算完之后产生的*.param.castep文件中的final enery与正版MS计算完之后产生的*.castep中的final enthalpy是否一样?
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1006094470

金虫 (小有名气)

请大家指点
2楼2011-09-21 13:37:56
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖


1006094470(金币+3): 谢谢您的回复,我的机器上有正版,所以只能在服务器上装盗版,您还有什么好方法吗? 2011-09-21 18:49:54
zzy870720z(金币+1): 鼓励交流 2011-09-22 12:48:51
引用回帖:
1楼: Originally posted by 1006094470 at 2011-09-21 11:35:38:
我们用的是盗版的MS,计算时需要先save files 再把其中的*.cell文件*.param文件*.param.cell文件还有赝势文件一起投到server中,计算完成后在*.param.castep中说:
Writing model to *.param.check   
Writing ...

盗版的只要你安装正确,在windows界面加入可用的端口就可以提交呀 也不用下载的
嘟啦啦嘟啦啦嘟
3楼2011-09-21 14:44:49
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souledge

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖


1006094470(金币+3): 谢谢您的回复,我用服务器算得到*param.castep文件,我仔细看了一遍,只有一个初始的结构信息,请问您知道用server如何得到castep文件吗? 2011-09-21 18:53:10
zzy870720z(金币+1): 鼓励交流 2011-09-22 12:49:05
无论什么版的,结构信息都在castep文件中,castep_bin中应该是电荷密度之类的信息才是~
看来LZ就没仔细看过castep文件吧……
思想重于技巧,内涵重于表象
4楼2011-09-21 15:34:44
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souledge

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
1006094470(金币+4): 谢谢您了,但*.param.castep文件中真的没有最后的结构,您方不方便留一个邮箱?我想发给您让您帮我看看,我将非常感谢 2011-09-22 21:49:03
youzhizhe(金币+2): 谢谢交流。 2011-09-22 23:57:05
看来不上个文件参观一下,LZ搞不清楚了~
CODE:
+-------------------------------------------------+

|                                                 |

|      CCC   AA    SSS  TTTTT  EEEEE  PPPP        |

|     C     A  A  S       T    E      P   P       |

|     C     AAAA   SS     T    EEE    PPPP        |

|     C     A  A     S    T    E      P           |

|      CCC  A  A  SSS     T    EEEEE  P           |

|                                                 |

+-------------------------------------------------+

|                                                 |

| Welcome to Materials Studio CASTEP version 4.3  |

| Ab Initio Total Energy Program                  |

|                                                 |

| Authors:                                        |

| M. Segall, M. Probert, C. Pickard, P. Hasnip,   |

| S. Clark, K. Refson, M. Payne                   |

|                                                 |

| Contributors:                                   |

| P. Lindan, P. Haynes, J. White, V. Milman,      |

| N. Govind, M. Gibson, P. Tulip, V. Cocula,      |

| B. Montanari, D. Quigley, M. Glover,            |

| L. Bernasconi, A. Perlov, M. Plummer            |

|                                                 |

| Copyright (c) 2000 - 2008                       |

|                                                 |

| Please cite                                     |

|                                                 |

|     "First principles methods using CASTEP"     |

|                                                 |

|         Zeitschrift fuer Kristallographie       |

|           220(5-6) pp. 567-570 (2005)           |

|                                                 |

| S. J. Clark, M. D. Segall, C. J. Pickard,       |

| P. J. Hasnip, M. J. Probert, K. Refson,         |

| M. C. Payne                                     |

|                                                 |

|       in all publications arising from          |

|              your use of CASTEP                 |

|                                                 |

+-------------------------------------------------+

This version was compiled for win32 on Mar 26 2008

License checkout of MS_castep successful

Pseudo atomic calculation .......
....................................
Converged in 45 iterations to a total energy of -1925.7620 eV

Calculation parallelised over    6 nodes.

K-points are distributed over    2 groups, each containing    3 nodes.


************************************ Title ************************************

CASTEP calculation from Materials Studio

***************************** General Parameters ******************************

output verbosity                               : normal  (1)

write checkpoint data to                       :

type of calculation                            : geometry optimization

stress calculation                             : on

density difference calculation                 : off

electron localisation func (ELF) calculation   : off

unlimited duration calculation

timing information                             : on

memory usage estimate                          : on

write final potential to formatted file        : off

write final density to formatted file          : off

output         length unit                     : A

output           mass unit                     : amu

output           time unit                     : ps

output         charge unit                     : e

output         energy unit                     : eV

output          force unit                     : eV/A

output       velocity unit                     : A/ps

output       pressure unit                     : GPa

output     inv_length unit                     : 1/A

output      frequency unit                     : cm-1

output force constant unit                     : eV/A**2

output         volume unit                     : A**3

output   IR intensity unit                     : (D/A)**2/amu

output         dipole unit                     : D

output         efield unit                     : eV/A/e

wavefunctions paging                          : none

random number generator seed                   : randomised (195850923)

data distribution                              : optimal for this architecture

optimization strategy                          : balance speed and memory

*********************** Exchange-Correlation Parameters ***********************

using functional                               : Perdew Burke Ernzerhof

Divergence correction                          : off

************************* Pseudopotential Parameters **************************

pseudopotential representation                 : reciprocal space

representation                      : reciprocal space



**************************** Basis Set Parameters *****************************

plane wave basis set cut-off                   :      eV

size of standard grid                          :    0

finite basis set correction                    :

number of sample energies                      :         

           sample  spacing                      :        eV

**************************** Electronic Parameters ****************************

number of  electrons                           :     

net charge of system                           :      

net spin   of system                           :      

number of  up  spins                           :      

number of down spins                           :      

treating system as non-spin-polarized

number of bands                                :        

********************* Electronic Minimization Parameters **********************

Method: Treating system as metallic with density mixing treatment of electrons,

         and number of  SD  steps               :         

         and number of  CG  steps               :         

total energy / atom convergence tol.           :    eV

eigen-energy convergence tolerance             :    eV

max force / atom convergence tol.              : ignored

convergence tolerance window                   :    cycles

max. number of SCF cycles                      :     

number of fixed-spin iterations                :     

smearing scheme                                :

smearing width                                 :        eV

Fermi energy convergence tolerance             :    eV


************************** Density Mixing Parameters **************************

density-mixing scheme                          :

max. length of mixing history                  :

charge density mixing amplitude                :

cut-off energy for mixing                      :    eV

charge density mixing g-vector                 :    1/A


********************** Geometry Optimization Parameters ***********************

optimization method                            :

variable cell method                           :

max. number of steps                           :  

estimated bulk modulus                         :     GPa

estimated                           :      cm-1

line minimiser tolerance                       :  

total energy convergence tolerance             :   eV/atom

        max ionic |force| tolerance             :    eV/A

max ionic |displacement| tolerance             :   A

   max |stress component| tolerance             :   GPa

convergence tolerance window                   :     steps

backup results every                           :      steps

*******************************************************************************

------------>  这里是初始的结构:

                           -------------------------------

                                      Unit Cell

                           -------------------------------

        Real Lattice(A)                      Reciprocal Lattice(1/A)

   a   0.0000000   0.0000000        a*   0.0000000   0.0000000

   0.0000000   b   0.0000000        0.0000000   b*   0.0000000

   0.0000000   0.0000000   c        0.0000000   0.0000000   c*



                       Lattice parameters(A)       Cell Angles

                    a =    a          alpha =   

                    b =    b          beta  =   

                    c =    c          gamma =   

                       Current cell volume =  S      A**3

                           -------------------------------

                                     Cell Contents

                           -------------------------------

                         Total number of ions in cell =   

                      Total number of species in cell =   

                        Max number of any one species =   

            xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx

            x  Element    Atom        Fractional coordinates of atoms  x

            x            Number           u          v          w      x

            x----------------------------------------------------------x

            x  X            1         0.250000   0.250000   0.250000   x

            ..............
            ..............

            x  X            4         0.500000   0.500000   0.500000   x

            xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx

                         No user defined ionic velocities

                           -------------------------------
                                   Details of Species

                           -------------------------------

                               Mass of species in AMU

                          Electric Quadrupole Moment (Barn)

                          Files used for pseudopotentials:

                           ------------------------------

                              k-Points For BZ Sampling

                           -------------------------------

                       MP grid size for SCF calculation is

                         Number of kpoints used =

             +++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++

             +  Number       Fractional coordinates        Weight  +

             +-----------------------------------------------------+

             ...................
             ...................

             +++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++

                           -------------------------------

                               Symmetry and Constraints

                           -------------------------------

         There are no ionic constraints specified or generated for this cell

                         Number of cell constraints=
                         Cell constraints are:  
                         External pressure/stress (GPa)

                          0.00000   0.00000   0.00000

                                    0.00000   0.00000

                                              0.00000

+-----------------------------------------------------------------------------+

Calculating finite basis set correction with  3 cut-off energies.

Calculating total energy with cut-off of  xxxx eV.

------------------------------------------------------------------------ <-- SCF

SCF loop      Energy           Fermi           Energy gain       Timer   <-- SCF

                               energy          per atom          (sec)   <-- SCF

------------------------------------------------------------------------ <-- SCF

Initial  xxxxxxxxxxx  xxxxxxxxxxx                       xxxxxxxx  <-- SCF


自洽场计算部分省略


      4  xxxxxxxxxxx  xxxxxxxxxxxxxxx  xxxxxxxxxxxxx   xxxxxxxxx <-- SCF

------------------------------------------------------------------------ <-- SCF

Final energy, E             =       eV

Final free energy (E-TS)    =       eV

(energies not corrected for finite basis set)

NB est. 0K energy (E-0.5TS)      =  xxxxxxxx     eV

For future reference: finite basis dEtot/dlog(Ecut) =      xxxxxxxeV

Total energy corrected for finite basis set =  xxxxxxxxx eV

******************************** Forces *********************************

*                                                                       *

*                      Cartesian components (eV/A)                      *

* --------------------------------------------------------------------- *

*              x                    y                    z              *

*                                                                       *

*************************************************************************

***************** Stress Tensor *****************

*                                               *

*          Cartesian components (GPa)           *

* --------------------------------------------- *

*             x             y             z     *

*                                               *

*                                            *

*************************************************

BFGS: finished iteration     0 with enthalpy= xxxxxxxxx eV

  

+-----------+-----------------+-----------------+------------+-----+ <-- BFGS

| Parameter |      value      |    tolerance    |    units   | OK? | <-- BFGS

+-----------+-----------------+-----------------+------------+-----+ <-- BFGS

|  dE/ion   |   0.000000E+000 |   2.000000E-006 |         eV | No  | <-- BFGS

|  |F|max   |   5.769822E-001 |   1.500000E-002 |       eV/A | No  | <-- BFGS

|  |dR|max  |   0.000000E+000 |   1.000000E-003 |          A | No  | <-- BFGS

|   Smax    |   8.173483E-001 |   2.000000E-002 |        GPa | No  | <-- BFGS

+-----------+-----------------+-----------------+------------+-----+ <-- BFGS


================================================================================

Starting BFGS iteration          1 ...

================================================================================

+------------+-------------+-------------+-----------------+ <-- min BFGS

|    Step    |   lambda    |   F.delta   |    enthalpy     | <-- min BFGS

+------------+-------------+-------------+-----------------+ <-- min BFGS

|  previous  |    0.000000 |    0.000706 |   xxxxxxxxxxxxx | <-- min BFGS

+------------+-------------+-------------+-----------------+ <-- min BFGS

--------------------------------------------------------------------------------

BFGS: starting iteration         1 with trial guess (lambda=  1.000000)

--------------------------------------------------------------------------------

                           -------------------------------

                                      Unit Cell

                           -------------------------------

        Real Lattice(A)              Reciprocal Lattice(1/A)

-------->  猜测结构

                       Lattice parameters(A)       Cell Angles

                    a =            alpha =   

                    b =           beta  =   

                    c =            gamma =   

                Current cell volume =   A**3

                           -------------------------------

                                     Cell Contents

                           -------------------------------

            xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx

            x  Element    Atom        Fractional coordinates of atoms  x

            x            Number           u          v          w      x

            x----------------------------------------------------------x

            x  

            x  XX           X         0.500000   0.500000   0.500000   x

            xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx

------------------------------------------------------------------------ <-- SCF

SCF loop      Energy           Fermi           Energy gain       Timer   <-- SCF

                               energy          per atom          (sec)   <-- SCF

------------------------------------------------------------------------ <-- SCF

Initial   SCF

------------------------------------------------------------------------ <-- SCF

Final energy, E             =       eV

Final free energy (E-TS)    =       eV

(energies not corrected for finite basis set)

NB est. 0K energy (E-0.5TS)      =       eV

******************************** Forces *********************************

*                                                                       *

*                      Cartesian components (eV/A)                      *

* --------------------------------------------------------------------- *

*              x                    y                    z              *

*************************************************************************



***************** Stress Tensor *****************

*                                               *

*          Cartesian components (GPa)           *

* --------------------------------------------- *

*             x             y             z     *

*************************************************

+------------+-------------+-------------+-----------------+ <-- min BFGS

|    Step    |   lambda    |   F.delta   |    enthalpy     | <-- min BFGS

+------------+-------------+-------------+-----------------+ <-- min BFGS

|  previous  |    0.000000 |    0.000706 |                 | <-- min BFGS

| trial step |    1.000000 |    0.000574 |                 | <-- min BFGS

+------------+-------------+-------------+-----------------+ <-- min BFGS


--------------------------------------------------------------------------------

BFGS: improving iteration         1 with line minimization (lambda=  )

--------------------------------------------------------------------------------

                           -------------------------------

                                      Unit Cell

                           -------------------------------

        Real Lattice(A)              Reciprocal Lattice(1/A)

----->   猜想后结构

                       Lattice parameters(A)       Cell Angles

                    a =              alpha =   

                    b =              beta  =   

                    c =              gamma =   

                Current cell volume =  A**3

                           -------------------------------

                                     Cell Contents

                           -------------------------------

            xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx

            x  Element    Atom        Fractional coordinates of atoms  x

            x            Number           u          v          w      x

            x----------------------------------------------------------x

            x  

            xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx

每一步BFGS的结构都会记录在这里,最后一个结构就是最终的结果了~
思想重于技巧,内涵重于表象
5楼2011-09-22 16:44:38
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yh992

新虫 (小有名气)

学习了!
6楼2011-09-23 08:43:03
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souledge

专家顾问 (著名写手)


gzqdyouxia(金币+1): 谢谢提示 2011-09-23 19:29:46
Please check, whether the type of calculation, in your so-calling *.param.castep file, is geometry optimization.
思想重于技巧,内涵重于表象
7楼2011-09-23 16:36:34
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popo0810

至尊木虫 (职业作家)

顶一个
我的人生我创造
8楼2012-04-10 23:29:32
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Kelvin Wang

新虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by souledge at 2011-09-22 16:44:38
看来不上个文件参观一下,LZ搞不清楚了~

+-------------------------------------------------+

|                                                 |

|      CCC   AA    SSS  TTTTT  EEEEE  PPPP   ...

你好 我MS8用castep计算完的文件怎么和这个不一样,只有第一个原始结构的信息 后面那些都没有
9楼2018-06-15 10:07:10
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