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笨笨达达

银虫 (小有名气)

[求助] 问一个弱弱的问题，关于测序？？

测序引物不论正向反向测出的结果，genebank中是不是都能BLAST出来？还是如果是反向需要软件转换成正向啊？
~~
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1楼 2011-08-12 22:06:55
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jinkui960

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
西瓜(金币+5, MolEPI+1): 正解！ 2011-08-13 00:33:25
笨笨达达(金币+3): 谢谢啦谢谢啦～～ 2011-08-13 07:56:03
引用回帖:
1楼: Originally posted by 笨笨达达 at 2011-08-12 22:06:55:
测序引物不论正向反向测出的结果，genebank中是不是都能BLAST出来？还是如果是反向需要软件转换成正向啊？
~~

正向和反向的测序结果在genbank中都可以进行BLAST分析。不需要把反向序列转换成正向的序列，如果你的序列和genbank中的序列反向互补的话，从比对结果中可以看出来，可以看序列数字的变化，如果是反向互补序列的话，比对结果的另一条序列的数字是从大到小，而你的序列的数字是从小到大。
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3楼2011-08-12 23:09:21
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DXY1

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

笨笨达达(金币+2): 谢谢你~~ 2011-08-12 23:02:22
不一定，在BLAST中只有单链的序列，需要用软件转换成正向的，比如用DNAMAN这个软件，就能完成
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2楼2011-08-12 22:57:15
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jinkui960

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

★
西瓜(金币+1): 鼓励热心人 2011-08-13 00:33:37
引用回帖:
2楼: Originally posted by DXY1 at 2011-08-12 22:57:15:
不一定，在BLAST中只有单链的序列，需要用软件转换成正向的，比如用DNAMAN这个软件，就能完成

如果要转换序列的话，DNAstar软件更方便，DNAMAN转换的话会留下数字和空格，需要手工除去！
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4楼2011-08-12 23:12:30
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