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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 向genbank提交序列之后，收到一信件，需要提供有关样品的信息？有人遇到过么？救赎
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feiye2214

木虫 (正式写手)

[求助] 向genbank提交序列之后，收到一信件，需要提供有关样品的信息？有人遇到过么？救赎


小弟前天向genbank提交了一个cDNA全序列，今天收到回信，需要再提供一些信息，我第一次提交序列，各位大侠帮忙看看，到底是要什么东西？
难道是：样品采集的地点，采集方式？获得cDNA的方式和方法？跑胶照片？
求救赎！下面是信件的内容，照片也是
Dear GenBank Submitter:

Please find your assigned Accession Number(s) in the letter below.

Please provide a strain, isolate, clone, specimen voucher, OR an
alpha-numeric code used in your laboratory to distinguish your
submission(s) from others in the database. Note we are requesting
that you provide only one of these identifiers, if available.

For more information, please see:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK53701/

Send this information to: gb-admin@ncbi.nlm.nih.gov

Thank you and we look forward to hearing from you soon.

Sincerely,

The GenBank Submissions Staff
Bethesda, Maryland USA
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wangjunnan

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1楼2011-08-10 11:14:54
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zemin_fang

木虫 (正式写手)
引用回帖:
17楼: Originally posted by 常用金属盐 at 2015-06-22 22:07:21
你好：
     阅读你之前的帖子，感觉你在微生物方面很专业，所以想请教个问题。我向NCBI提交序列后，也收到了一封关于样品信息的回信，由于我第一次弄不太懂，能否麻烦你帮忙看一下吗！谢谢！以下是genbank的回信 ...

你好，主要是3个问题：
1，你的DNA样本的来源来源，是纯培养，富集培养还是大规模的环境基因组DNA，按要求选择其一即可。
2，给你的序列一个唯一的标识号，并在以后发文章的时候尽可能使用这个编号。
3，提供样品来源的环境信息，如样品来源于土壤，采集位置的地理信息，如经纬度等。尽可能丰富吧。
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常用金属盐
19楼2015-06-23 09:43:09
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普通回帖

zemin_fang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
silicare(金币+1): 谢谢参与 2011-08-10 11:52:53
feiye2214(金币+5): 2011-08-10 12:05:37
主要是提供你递交的序列原始来源菌株的名称，如果是克隆，给你的克隆起个名字，以保证你的序列名称在genbank'中是唯一的。
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2楼2011-08-10 11:23:13
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feiye2214

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zemin_fang at 2011-08-10 11:23:13:
主要是提供你递交的序列原始来源菌株的名称，如果是克隆，给你的克隆起个名字，以保证你的序列名称在genbank'中是唯一的。

我的是乌贼的mRNA,用试剂盒提取RNA，反转录，5’3’RACE，最后获得的全序列装到pMD 18-T载体转到DH5a菌里了，我是不是给这个DH5a菌取个名字？谢谢
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3楼2011-08-10 11:40:15
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jinkui960

至尊木虫 (知名作家)
★ ★
adslye(金币+2): 感谢交流！祝顺利！ 2011-08-10 21:31:32
引用回帖:
3楼: Originally posted by feiye2214 at 2011-08-10 11:40:15:
我的是乌贼的mRNA,用试剂盒提取RNA，反转录，5’3’RACE，最后获得的全序列装到pMD 18-T载体转到DH5a菌里了，我是不是给这个DH5a菌取个名字？谢谢

你的序列是从乌贼里面扩增得到的，跟DH5a菌没有关系，DH5a只是一个宿主菌，你可以提供乌贼的样品编号，实在没有编号，可以自己编一个试验样品号。
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feiye2214
4楼2011-08-10 12:33:33
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feiye2214

木虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by jinkui960 at 2011-08-10 12:33:33:
你的序列是从乌贼里面扩增得到的，跟DH5a菌没有关系，DH5a只是一个宿主菌，你可以提供乌贼的样品编号，实在没有编号，可以自己编一个试验样品号。

谢谢提醒，已经编号给genbank发过去了
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5楼2011-08-10 13:45:47
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冼亮淀粉酶

专家顾问 (知名作家)

生物大分子降解酶
★ ★
lstt09nk(金币+2): 感谢参与 2011-08-11 13:38:41
乌贼也要提供种属，因为乌贼不是一个分类学的种
http://hi.baidu.com/ksjtly/blog/ ... 0e4fd79c820435.html
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流星来时我许了个愿，愿我有吃有喝还有舒服的猪圈。讨厌发帖前不搜索论坛重复发帖和仅把论坛当解决问题工具，久不看论坛一来就提问者，宁弃EPI和VIP也不回帖。
6楼2011-08-11 07:56:23
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xiying8009

新虫 (小有名气)
LZ你好~我在提交序列的时候出现了一些问题，想向你请教一下。我提交的是昆虫的线粒体DNA中COI基因的部分序列，要求填写编码区。但在编码区翻译后的序列中总是有*号出现，不知道是什么原因？这种情况能否提交成功呢？！
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7楼2012-02-18 19:27:40
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feiye2214

木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by xiying8009 at 2012-02-18 19:27:40:
LZ你好~我在提交序列的时候出现了一些问题，想向你请教一下。我提交的是昆虫的线粒体DNA中COI基因的部分序列，要求填写编码区。但在编码区翻译后的序列中总是有*号出现，不知道是什么原因？这种情况能否提交成功呢 ...

“编码区翻译后的序列中总是有*号出现”说明你的序列翻译之后中间出现了终止密码子，你的编码序列需要重新核对
你用MEGA重新校对一下，一般是编码最后才会出现*号的，是不是把内含子的起始和结尾弄错了？
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xiying8009
8楼2012-02-18 20:02:30
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xiying8009

新虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
8楼: Originally posted by feiye2214 at 2012-02-18 20:02:30:
“编码区翻译后的序列中总是有*号出现”说明你的序列翻译之后中间出现了终止密码子，你的编码序列需要重新核对
你用MEGA重新校对一下，一般是编码最后才会出现*号的，是不是把内含子的起始和结尾弄错了？

恩，是呀，我的序列中出现了好多呢！我再校对一下看看，谢谢啦
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9楼2012-02-18 23:09:25
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xiying8009

新虫 (小有名气)
楼主，我又核对了一遍序列，方向和起始啥的都没有问题。
而且线粒体COI基因按理说应该全是编码区。
我把blast出来的近缘序列放在MEGA里边校对，也出现了好多*，但是这些序列在NCBI里边的CDS区域都翻译的好好呀！这是怎么个原因呢？
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10楼2012-02-21 15:38:04
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