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380665135

新虫 (初入文坛)

[求助] 兼并引物PCR连T载体后,怎么鉴定有没有连上

我用简并引物扩一段未知序列,扩出来后连T载体,怎么鉴定有没有连上呢,不能用简并引物去扩吧,酶切的话不知道目的序列的酶切位点情况,只能选几个试试 ,但效果都不理想啊,这一时半会也不知上哪去找通用引物,怎么办呢,急!
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冼亮淀粉酶

专家顾问 (知名作家)

生物大分子降解酶

★ ★
dhd997(金币+2): good 2011-07-22 08:18:15
试着跑一个电泳,PCR产物是一条带,T载体也是一条带,连接成功的是另一条带,但是要求DNA较多,连接体系不至于跑了电泳就用完了。
流星来时我许了个愿,愿我有吃有喝还有舒服的猪圈。讨厌发帖前不搜索论坛重复发帖和仅把论坛当解决问题工具,久不看论坛一来就提问者,宁弃EPI和VIP也不回帖。
2楼2011-07-22 07:28:06
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冼亮淀粉酶

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生物大分子降解酶


西瓜(金币+1): 鼓励 2011-07-22 11:55:16
目的序列的酶切位点可以用软件查找的
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4楼2011-07-22 08:34:49
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冼亮淀粉酶

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生物大分子降解酶

引用回帖:
Originally posted by 空谷幽风 at 2011-07-22 10:37:01:
关于没连上的问题:
(1)确定你扩增片段时是用的Taq酶而不是高保真的pfu之类的酶,原因你懂得
(2)PCR片段扩完后一定要割胶回收后再拿去做连接
(3)如果连转做的不熟的话建议看一下我在小木虫上发的帖子[ur ...

PCR产物是一条带,T载体也是一条带,连接成功的是另一条带。T载体肯定是线性的,也有带,但是跑胶的时候与连接成功的产物不一定重合。
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14楼2011-07-22 18:30:05
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冼亮淀粉酶

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生物大分子降解酶

至于跑胶要多少,得取决于样品有多少,但至少在电泳的时候5纳克看起来是很清楚的。
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15楼2011-07-22 18:33:01
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冼亮淀粉酶

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生物大分子降解酶

【答案】应助回帖

1949stone(EPI+1): 替代染料是啥啊 2011-07-23 01:37:33
引用回帖:
Originally posted by 空谷幽风 at 2011-07-22 20:17:07:
5ng是不是能看清楚要看EB是什么时候加的以及条带的大小,如果EB是在配胶的时候加进去的,那么在跑电泳的时候,EB的泳动方向与DNA泳动方向是相反的,如果条带比较小的话,5ng的量是不容易看清楚的。mark最亮的一 ...

EB是有毒物质,我们实验室从不把它加到电泳槽里,只设置专门的染缸来染色,染缸放置在黑暗密闭处。建议你也别把EB放在开放的地方。

条带的大小跟显影亮度无关,有关的只是含量。即使条带很大,达到10kb,含量很少,亮度也不大。即使条带只有1kb,但是含量够多,亮度也会较大。所以,EB染色时候是ng(纳克)决定亮度,不是kb(片段长度)。

DNA Ladder的生产厂家是不同的,生产的条带也有一些区别。你说“mark最亮的一条带一般是20ng/ul”,但是我看到的说明书上写的是“23%”,用的是百分比,意思是这一条带占所有的条带总和的含量。是相对含量,而不是绝对含量。绝对含量是可以计算出来的,我们实验室的1kb DNA Ladder内DNA浓度是25ng/ul,每次电泳取4ul,那么最亮的一条带就是23ng。

现在我们实验室已经不用EB,换用替代染料了,这个替代染料是大势所趋。
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17楼2011-07-22 21:43:28
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冼亮淀粉酶

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生物大分子降解酶

EB有毒,最好单独染,密闭避光。也不用考虑电泳时迁移的问题了。
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19楼2011-07-22 23:11:34
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