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王营wy

新虫 (初入文坛)

[求助] DGGE过程中两条位置不同的条带代表同一菌种现象

各位做DGGE的前辈们,我在做DGGE时,同是嗜热链球菌但来源不同,DGGE后出现的条带在不同位置上,距离差异较大,但细菌通用引物F357GC/R518扩增同一种菌的条带位置理论上应该一致,出现这种现象的原因都有哪些呢?是存在多个克隆子?还有?
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阳光总在风雨后
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lanhuaorchid

金虫 (著名写手)

orchid

【答案】应助回帖

王营wy(金币+1): 谢谢,但DGGE只能对不同种进行区分,同一种菌不同株在DGGE区分时按道理说应该是迁移位置一样的啊! 2011-07-31 20:46:57
这主要是关于DGGE的原理,DGGE是根据DNA在不同浓度的变性剂中解链行为的不同而导致电泳迁移率发生变化,从而将片段大小相同而碱基组成不同的DNA片段分开。特定的双链DNA片段在含有从低到高的线性变性剂梯度的聚丙烯酰胺凝胶中电泳,随着电泳的进行,DNA片段向高浓度变性剂方向迁移,当它到达其变性要求的最低浓度变性剂处,双链DNA形成部分解链状态,这就导致其迁移速率变慢,由于这种变性具有序列特异性,因此DGGE能将同样大小的DNA片段很理想地分开.
  总之,DGGE就是将同样大小的DNA片段分开,你用细菌通用引物P完再跑核酸胶的话大小肯定一样,但DGGE胶条带位置肯定不同。
orchid
6楼2011-07-25 21:37:26
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xiadongliang

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

有这种情况。有多一个菌的PCR跑完DGGE都能显示两条带。

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2楼2011-07-21 08:55:26
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王营wy

新虫 (初入文坛)

送鲜花一朵
引用回帖:
Originally posted by xiadongliang at 2011-07-21 08:55:26:
有这种情况。有多一个菌的PCR跑完DGGE都能显示两条带。

你好,非常感谢你的回复。我现在的情况是两个菌都属于嗜热,但每个单菌只跑出一条带,而这两条带的位置不同,请问您遇到过这种情况吗?
阳光总在风雨后
3楼2011-07-21 09:39:27
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~!

理认上DGGE,几个碱基的区别就可以分开,那样的话,正常啊,你的不同的菌,序列不一样不是正常的吗?

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4楼2011-07-21 12:42:28
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