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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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363965412

新虫 (初入文坛)

[求助] 对16S rRNA可以进行哪些分析(包括方法)?

我已经得到16S rRNA基因序列,但是不知道如何分析! 望高人指点
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qwky2010

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

363965412(金币+5, 博学EPI+1): 呵呵 谢谢你的回帖。同源性和进化树都做完了,其它的 (比如:疏水性)不知道能否分析,用什么软件! 2011-07-20 11:53:11
内容已删除
天道酬勤
2楼2011-07-19 15:40:20
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qwky2010

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

363965412(金币+20): 你太给力了!非常感谢!还有个问题,就是ExPASy做出的图没有分析说明啊!怎么办?我又看不懂图! 2011-07-21 15:24:27
蛋白质序列分析及结构预测:
  1.预测蛋白质的分子量及等电点:ExPASy(Compute pI/Mw)
  2.分析蛋白质的基本物理化学性质:ExPASy(ProtParam)
  3.分析蛋白质的亲水性和疏水性:ExPASy(ProtScale)
  4.分析蛋白质在各种蛋白酶和各种化学试剂处理后的内切产物:ExPASy(PeptideMass)   [* :kinase K]
  5.分析蛋白质的信号肽:ExPASy(SignalP)
  6.预测蛋白质的二级结构:ExPASy(Jpred 3)

多物种分子系统发育分析:EMBL(www.ebi.ac.uk/embl/)--Toolbox--Clustal2W
天道酬勤
3楼2011-07-20 15:24:53
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qwky2010

金虫 (著名写手)

ExPASY工具从蛋白质序列出发,可以预测蛋白质的许多化学理化性质,包括理论等电点、相对分子质量、酶切特性、疏水性、电荷分布等。
那疏水性来说,依据氨基酸分值越低亲水性越强,分值越高疏水性越强的规律。这个要通过你多看看生物信息学方面知识了,祝你好运
天道酬勤
4楼2011-07-21 16:13:42
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