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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 设计引物时酶切位点保护碱基的问题
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肉丸001

捐助贵宾 (小有名气)

[求助] 设计引物时酶切位点保护碱基的问题

我想在毕赤酵母表达蛋白，用的是pPTC9K，因为目标蛋白中有SnaBI和EcoRI,所以只能用两相邻的AvrII和NotI酶切位点。设计引物的时候找不到AvrII的保护碱基，求助。
    同时也听师兄说保护碱基的格式是有规定的（http://wenku.baidu.com/view/e596a5dba58da0116c1749bf.html参照这个表）。但我之前设计引物的时候都是随便来的，像BamHI我只是象征性的添加几个GC，只要无发夹结构、二聚体就行了，而且也都能p出来。所以我困惑了，保护碱基到底有啥要求？必须按照那个表来，碱基数目及排列都必须一样？

  毕赤酵母组氨酸偏爱密码子为CAC，为减小引物Tm值我选用CAT可否，会影响表达效率么？
  求高手指导，最好能给个QQ进一步咨询。。。

[ Last edited by 肉丸001 on 2011-7-7 at 19:28 ]
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1楼 2011-07-07 19:04:56
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wurenzhi0721

铁虫 (正式写手)
楼主，我也要用这个载体，请问你现在做得怎么样了？
我用的也是跟你一样：两相邻的AvrII和NotI酶切位点
赞一下 回复此楼
你快乐所以我快乐，我快乐所以大家也快乐
6楼2011-12-06 15:26:14
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wurenzhi0721

铁虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 肉丸001 at 2011-12-09 11:18:43:
你做单酶切吧。。我当初是单酶切弄的

那切出来了吧
相关实验做完了 ？
赞一下 回复此楼
你快乐所以我快乐，我快乐所以大家也快乐
9楼2011-12-09 15:32:38
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