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请教real time pcr问题，谢谢！
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各位大虾们，小弟想咨询一些荧光定量的问题，如下： 1. RNA提取后，必须要测浓度吗，要根据浓度来决定加入多少ul的rna吗？ 2. 假如cDNA中还有DNA污染，该怎么办？能在cDNA中加入DNAseI除去DNA吗，这回切割cDNA吗？ 3. 我的模板稀释了四个梯度（5,25,125,625）选用18s做内参，结果CT值很大，都在30以上，后来调整了预变性时间，从5min增加到10min，CT值降为24左右，但是这对于内参基因来讲，仍然很大。我的目的基因CT值都在32-33以上。请问这是怎么回事？我的RNA用盒子提的，效果不错。反转录用的promega的m-mlv，用ologodt15（50uM）做引物。 4. 我有个同学做逆境，相同稀释倍数时，干旱处理时内参18S的CT在10左右，但做盐胁迫时相同18S的CT值竟然都在25左右，后来测了一下模板浓度， 都在1000-1300ng左右，感觉差不多呀，听一个师姐说做不同的逆境，可能需要不同的引物，请问这是怎么回事呢？ 小弟最近一直很迷茫，不敢轻易再上ABI7500去尝试了，因为材料有限，模板有限，不敢轻易得瑟模板。请各位大虾给予解答！谢谢！ |
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4楼2011-07-07 16:17:54
西瓜
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【答案】应助回帖
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dhd997(金币+5): 赶快续，EPI等着你 2011-07-07 07:45:11
billy8580(金币+1): 不错，分析的详细 2011-07-10 00:40:53
dhd997(金币+5): 赶快续，EPI等着你 2011-07-07 07:45:11
billy8580(金币+1): 不错，分析的详细 2011-07-10 00:40:53
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1.需要测浓度的，理由：（1）不同的样品，用的RNA量一样（cDNA量也一样），定量结果更可靠。虽然内参可以校正样品量的差异，但是起始RNA量一样的话，结果更可靠，也更漂亮（理想情况是各个不同样品内参的Ct值非常接近）；（2）反转录酶能力不是无限的，说明书上都有说RNA的最大加入量，所以需要预先知道RNA浓度；（3）保证实验的可重复性。 2.DNA酶也会降解cDNA。不过可以用DNA酶处理RNA，之后灭活DNA酶（一般就是酚氯仿抽提），再做反转录。但是这样RNA的量损失很大，你样品少的话不推荐这样。当然通过引物设计，跨内含子，可以避免基因组DNA的扩增，不过引物有时候很难设计。最好的办法，还是好好提你的RNA，特别是加氯仿抽提之后取上清时，不要贪多，这样就能避免基因组DNA的污染了。再说了，你用试剂盒提的，如果还有基因组DNA污染，那就是操作不当啦。你样品宝贵，可以用其他材料，专门练练RNA提取。 （老婆逼睡觉，未完待续） |
2楼2011-07-07 02:13:23
西瓜
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【答案】应助回帖
amisking(EPI+1): 鼓励应助 2011-07-07 18:30:50
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3. Ct值跟预变性时间关系不大。你的情况是模板浓度太低了。连稀释5倍Ct值都那么大，那起始的RNA量太少了。下次测了RNA浓度，然后按照反转录试剂盒允许使用的RNA最大量来做反转录。之后梯度稀释（一般10倍一个梯度）再做荧光定量PCR。这个算是预实验，要解决的问题是模板该用多少ul。 4.如果内参随处理不同而变化的话，那不是个好内参啊。好的内参基因，不管如何处理，只要模板量一样，它的Ct值就应该差不多。不知道你师姐说的用不同引物是不是指用不同的内参基因，这方面还是问问你师姐吧。可以做内参的基因很多，actin、GAPDH、tublin等等，如果18s确实有这样的变化，建议你还是查查文献，换其他内参。 一家之言，仅供参考，欢迎各位同行指正哈  |
3楼2011-07-07 09:28:59
5楼2011-07-07 18:46:39
