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starry99

木虫 (正式写手)

[求助] 高斯计算中离子电荷的处理

我最近在做gaussian计算离子液体的一些性质，遇到了如下问题：
1、gaussian中离子到底如何表示，gaussian中每个原子仅仅以坐标的形式给出，在输入文件第二行给出的电荷数gaussian是如何知道电荷如何分布的呢。如果对于一个咪唑离子液体，+电荷分布在N上，但是输入文件没有体现出来N的形式电荷。而输出的文件中Mulliken电荷却显示+离子均匀的分布在5元环上，貌似形成了大派键，，两个N的电荷分布竟然是一样的。如果觉得是因为5元环上其他的电子共轭到N上的空轨道也能解释，不知道这样的结果能不能让人信服
2、如果我要处理正负电荷在一起的体系，那么电荷又如何表示呢，我将正负电荷中心对应然后优化构型，因为二者电荷为0我电荷项就设为0。优化的结果觉得构型看起来还是不错的，我把他们当成整体的分子，计算Dipole和Molar Volume但是与文献对应不上不知道为什么。
希望大牛能够帮帮小弟，谢谢～～
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1楼2011-07-04 08:00:38
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starry99

木虫 (正式写手)
附上小弟的输入文件，两个一个是单个阳离子的计算，一个是阴阳离子的计算
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2楼2011-07-04 08:03:38
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独孤狼

金虫 (正式写手)

独行者

【答案】应助回帖

★ ★
gmy1990(金币+2): 非常感谢你对论坛的贡献，奖励一下！ 2011-07-04 10:09:35
starry99(金币+3): 2011-07-04 11:37:18
1、形式电荷只是方便理解的，你可以这样理解分子是有很多共振结构的，不同的共振结构电荷分布往往不一样，综合起来就成muliken电荷了。一般情况下如果你把某一片断的电荷相加就可以近似的得到形式电荷的数值~~
2、如果你做nbo分析你会发现正负电荷中心依然是相应的正负电荷中心~
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轮回的过往，注定的未来；独孤的行者，孤独的路途……
3楼2011-07-04 09:50:09
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starry99

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 独孤狼 at 2011-07-04 09:50:09:
1、形式电荷只是方便理解的，你可以这样理解分子是有很多共振结构的，不同的共振结构电荷分布往往不一样，综合起来就成muliken电荷了。一般情况下如果你把某一片断的电荷相加就可以近似的得到形式电荷的数值~~
2 ...

非常谢谢您的回帖，但是我的问题还没有解开。我知道分子的构型是在多个共振结构中转换的，形成大排键也是因为电荷的离域运动造成的。
我现在的问题其实很简单，我特别想知道为什么我的计算结果别人的差别那么大，虽然高斯计算Molar Volume是通过MC方法，必定结果不能完全重现，但是正负离子体系如果结果优化收敛，而且得到多个构型理论上计算结果会比较接近，起码同组的结果趋势会一样，但是我计算的结果却连趋势都不对。
我分析如果出现这样的原因最大的可能是因为我对于带点体系的输入文件错误造成的。我没有处理过带电体系的计算，我只是把总电荷写出，没有其他的标注。
另外的可能性就是因为正负电荷的两体问题没有合适处理，得到的是局部最小值。但是我把正负电荷中心拉到很近让它排斥到合适的位置。而且从4个方向分别优化，理论上不该有什么错误。
希望有经验的虫友帮忙解决，在下感激不已。
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4楼2011-07-04 11:47:27
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happy111839

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by starry99 at 2011-07-04 08:00:38:
我最近在做gaussian计算离子液体的一些性质，遇到了如下问题：
1、gaussian中离子到底如何表示，gaussian中每个原子仅仅以坐标的形式给出，在输入文件第二行给出的电荷数gaussian是如何知道电荷如何分布的呢。如 ...

我想问你个问题，我做的体系也涉及正负两个离子，但我把这两个离子放在一起优化的时候总是得到两个中性的结构，请问如何解决呢
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5楼2011-07-04 16:28:53
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jianqin

金虫 (正式写手)
我也遇到和楼主同样的问题，如果我要研究质谱中某一分子离子（带正电荷）的几何构象和能量，用chemdraw画好结构，再用chem3D生成3D结构，输入gaussian计算，得到的构象结果用chem3D打开，正电荷就不见了，而gaussianView中更是看不到正电荷。
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6楼2011-07-04 22:16:49
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ljdeyouxia

新虫 (初入文坛)
学习一下！
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把握现在
7楼2011-07-05 08:51:34
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奔鲨

铁虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
gmy1990(金币+2): 2011-07-05 18:05:49
starry99(金币+3): 2011-07-05 19:15:36
引用回帖:
Originally posted by starry99 at 2011-07-04 08:00:38:
我最近在做gaussian计算离子液体的一些性质，遇到了如下问题：
1、gaussian中离子到底如何表示，gaussian中每个原子仅仅以坐标的形式给出，在输入文件第二行给出的电荷数gaussian是如何知道电荷如何分布的呢。如 ...

不是搞离子液体的，不过有几点想法，仅供参考。
离子液体内部有大量的阴阳离子，所以不能仅用一两个表示。
例如，NaCl是典型的离子化合物，当时不能表示为一个Na+和一个Cl-离子的结合。而应该表示为大量的离子混合体。
你可以尝试，逐步加上更多的阴阳离子，再算这种性质的趋势。
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to realize something, never complain too much about the effort, you have no right to say you don't like.
8楼2011-07-05 15:08:55
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starry99

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 奔鲨 at 2011-07-05 15:08:55:
不是搞离子液体的，不过有几点想法，仅供参考。
离子液体内部有大量的阴阳离子，所以不能仅用一两个表示。
例如，NaCl是典型的离子化合物，当时不能表示为一个Na+和一个Cl-离子的结合。而应该表示为大量的离 ...

呵呵，理论上是这样的，但是你没有考虑到量化的效率，一对阴阳离子就要耗费1天的时间更不要说许多了，而且多体问题很难找到比较合适的最小值，如果像您说的最好还是跑CPMD比较合适一点。
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9楼2011-07-05 19:17:23
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奔鲨

铁虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

starry99(金币+3): 2011-07-06 10:08:20
引用回帖:
Originally posted by starry99 at 2011-07-05 19:17:23:
呵呵，理论上是这样的，但是你没有考虑到量化的效率，一对阴阳离子就要耗费1天的时间更不要说许多了，而且多体问题很难找到比较合适的最小值，如果像您说的最好还是跑CPMD比较合适一点。

嗯，这个我知道，所以我说要逐渐加，找趋势。不可能一下加很多。
可以先用半经验甚至HF来进行，然后试试DFT，
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to realize something, never complain too much about the effort, you have no right to say you don't like.
10楼2011-07-06 08:52:41
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