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新手想知道如何用Amber做蛋白质分子固定某两个或多个氨基酸距离的MD计算
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大家好，我是最近刚接触Amber。 想对蛋白质分子做一些MD模拟计算，基本操作会一些。 现在想把某两个氨基酸之间的距离固定起来做计算。不知道有没有可能。 如果有可能的话是要在mdin文件里写入什么参数？ |
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3楼2011-07-05 10:48:28
2楼2011-06-29 06:26:02
futing1229
木虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
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- 散金: 10
- 帖子: 431
- 在线: 380.5小时
- 虫号: 942726
- 注册: 2010-01-15
- 性别: MM
- 专业: 生物大分子结构与功能
4楼2011-07-21 10:28:03
【答案】应助回帖
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御剑江湖(金币+5, 模拟EPI+1): 鼓励提供解决方案！ 2011-08-04 20:36:50
御剑江湖(金币+5, 模拟EPI+1): 鼓励提供解决方案！ 2011-08-04 20:36:50
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问题基本解决贴出我的input文件给有同样问题的朋友参考一下： ＃md.in &cntrl nstlim = 30000, dt = 0.002, ntt = 1, ntb = 2, ntp = 1, tempi =300, temp0 = 300,ntc =2, ntf = 2, ntpr =100, ntwx = 100, iwrap = 1, nmropt = 1, / &wt type= 'END' / LISTOUT = POUT DISANG = RST.f #RST.f # 我这里要限制的是59 和1297两原子的距离。 &rst iat = 59, 1297, r1=1.3, r2=1.8, r3=8, r4=16, rk2= 0,rk3=10, / 详细的请参考这个教程：http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial4/ |
5楼2011-08-04 14:50:55