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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 程序语言 » 其它 » perl脚本求助，我想将一万多个文件从fasta格序，改为phylip4格式
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shuifeng1988

金虫 (小有名气)

木虫

[求助] perl脚本求助，我想将一万多个文件从fasta格序，改为phylip4格式

求助，如何利用bioperl批量修改序列格式!我在iny文件夹中有一万多个.fasta文件，我想将它们修改序列格式为phylip4，并存在out文件夹中！我电脑上已经装好bioperl，请问怎么写脚本？？
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平生两愿：抱着美人，浪迹天涯！
1楼 2011-06-17 04:17:15
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gaorongchao

金虫 (小有名气)
对于perl来说，1万多个和一个其实是一个是一样的。
对于phylip来说，主要有两种格式，用perl的%s-10 来对齐就可以了
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good，luck，workhard
8楼2013-04-30 11:27:56
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xioooli

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
jjdg(金币+2): 感谢应助 2011-06-20 11:55:32
shuifeng1988(金币+5): 2011-10-12 13:30:19
话说，我粗略的看了下上述两种格式，简单的脚本就能解决，用不着什么bioperl的大炮吧，
google 大神给出的两个貌似能解决问题的链接：

python 版本
http://miss.ieph.net/archives/970

awk 版本
http://www.unix.com/shell-progra ... -phylip-format.html
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2楼2011-06-19 22:45:55
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huycwork

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
微尘、梦想(金币+2): 谢谢参与应助！ 2011-06-20 19:38:40
shuifeng1988(金币+5): 2011-10-12 13:30:27
google大神还提供了这个：http://myhits.isb-sib.ch/cgi-bin/reformat
看起来是cgi写的，就当perl脚本咯~
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漩涡的中心有一块空地，空空的。
3楼2011-06-20 12:01:36
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shuifeng1988

金虫 (小有名气)

木虫
jjdg:编辑内容 2011-10-12 04:46
#/usr/bin/perl
use Bio::AlignIO;
my @name = glob("*.fasta" );
foreach $name (@name) {
$in = Bio::AlignIO -> new(-file => "$name", '-format' => 'fasta');
$out = Bio::AlignIO -> new(-file => ">..\\sequence03\\$name", '-format' => 'phylip');
while (my $aln = $in -> next_aln()) {$out ->write_aln($aln);
}
}

[ Last edited by jjdg on 2011-10-12 at 04:46 ]
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平生两愿：抱着美人，浪迹天涯！
4楼2011-10-11 21:33:56
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