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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 土壤中含有农药，提取的土壤DNA进行PCR扩增，农药会抑制PCR反应吗
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fancrystalli

新虫 (初入文坛)

[求助] 土壤中含有农药，提取的土壤DNA进行PCR扩增，农药会抑制PCR反应吗

最近在做土壤微生态研究，目的是研究土壤中添加农药后对土壤中微生物的影响，取样在农药施用一个月内，具体残留还未做。现在用的是MOBIO公司的power DNA提取试剂盒，按照大多数人的说法，这已经是很好的而且用的很广的土壤DNA提取试剂盒了，提取出来的DNA电泳可见，但就是PCR得不到目的条带，阳性对照成功扩增出，采用降落PCR，将样品进行过10~50倍的稀释，仍扩增失败。想请教有经验的前辈，会不会是因为土壤中的农药残留对PCR产生了抑制，如果是的话，应该怎样处理？在此，先谢谢大家了。
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1楼 2011-06-14 22:59:37
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jzhe961

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

好多农药都是脂溶性的，提取DNA时进入氯仿相而被除去。
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6楼2011-07-04 11:56:02
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cdl007

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
西瓜(金币+3): 鼓励应助。楼主说的对照可能不是土壤样品吧。 2011-06-15 21:47:40
农药应该不会抑制PCR反应，因为你的阳性对照能P出来

可能还是引物有问题
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2楼2011-06-15 19:55:00
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gwbk

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
西瓜(金币+5, EPI+1): good！ 2011-06-15 21:50:56
农药一般不会抑制DNA聚合酶活性，而抑制胆碱酯酶活性的较多，农药大多是神经毒剂，一般导致昆虫过度兴奋而死，反过来说，几乎没有农药设计DNA聚合酶为靶点。而除草剂一般分为激素类、光合抑制类、阻抑氨基酸、脂类合成、抑制细胞分裂等，也不会抑制DNA聚合酶。

再说，你用的试剂盒我也在用，相当好。提纯的DNA不会带有土壤中DNA以外的物质，水除外。
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3楼2011-06-15 20:41:02
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fancrystalli

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by cdl007 at 2011-06-15 19:55:00:
农药应该不会抑制PCR反应，因为你的阳性对照能P出来

可能还是引物有问题

阳性对照是纯细菌的染色体DNA,引物用的是16S V3区通用引物，阳性对照已经扩增出来了，引物应该没问题吧
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4楼2011-06-16 09:22:51
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