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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 条带跑不开
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RQYLICHEE

新虫 (初入文坛)

[求助] 条带跑不开

我最近在扩增金黄色葡萄球菌的毒素基因，设计了一系列，其中nuc引物有279bp，毒素D的引物有339bp，二者相差有60bp 。分别单扩增时可以看到清楚地条带，但在同一体系中二者的扩增条带总是连在一起，分不开。是因为大小太相近了，还是有其他原因？特向各位高手请教！（注：我用的是2000bp 的Maker）
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【分子生物】EPI帖

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1楼 2011-06-12 17:38:47
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梧桐小雨

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
西瓜(金币+2): 鼓励 2011-07-02 15:36:45
建议高浓度的胶，3-4%，延长电泳时间
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4楼2011-06-13 08:50:17
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lxj341401

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
西瓜(金币+3): 同意同意～ 2011-07-02 15:35:52
你用的胶的浓度多少？要把279bp、339b条带分开，估计胶的浓度要比较高，比如2.0%。
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2楼2011-06-12 20:09:08
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cdl007

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
RQYLICHEE(金币+1): 良好 2011-06-13 12:47:55
西瓜(金币+4, EPI+1): 专家出手，不同凡响！ 2011-07-02 15:36:32
凝胶浓度（%） 线性DNA长度（bp）

0.5                  1000～30000

0.7                  800～12000

1.0                  500～10000

1.2                  400～7000

1.5                  200～3000

2.0                   50～2000

方法1 所以你的胶的浓度2.0以上，可以考虑4。0，可以适当延长电泳时间。
方法2 在2.0的胶内，加大电压，缩短电泳时间，减少条带扩散。

第一个方法推荐首选
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3楼2011-06-12 20:48:08
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RQYLICHEE

新虫 (初入文坛)
谢谢各位的回答，我用的是1.5%的胶浓度。如果胶浓度太大了，会不会影响其他的条带。因为我还有其他几个引物要放在同一体系中
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5楼2011-06-13 12:47:14
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