应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 序列比对
101/1返回列表
查看: 2165  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
本帖产生 1 个 BioEPI ，点击这里进行查看

happy2011

金虫 (小有名气)

[求助] 序列比对

请问高手们，序列比对用哪个软件，具体怎么操作。谢谢。正向反向怎么比对
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

实验操作

» 猜你喜欢
1楼 2011-06-02 19:15:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chicharito

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

happy2011(金币+2): 谢谢 2011-06-13 09:33:23
DNAMAN  有个多重比对，也有反向互补序列
赞一下 回复此楼
姿态----
2楼2011-06-02 21:17:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

夏风随影

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

happy2011(金币+2): 谢谢 2011-06-13 09:33:37
Clustal W 2.1 用来对核酸与蛋白序列进行多序列比对（multiple sequence alignment）的软件。
赞一下 回复此楼
有情调的生活~~
3楼2011-06-02 21:35:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zrr807

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

happy2011(金币+2): 谢谢 2011-06-13 09:34:20
可以用NCBI在线比对，设置相关参数内容就可以了
赞一下 回复此楼
快乐的样子！
4楼2011-06-03 09:05:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yabxxh

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

看天(EPI+1): 谢谢回答 2011-06-03 10:03:33
happy2011(金币+4): 谢谢 2011-06-13 09:34:50
用NCBI中blast中的align two sequences，你可以先用你的目的序列和测序结果比较一下，看清楚是正向还是反向互补，确定了方向之后，分别输入你测序的两条结果，看中间是不是有重合部分，有的话，恭喜，你的片段已经测通了，然后取重叠部分前端的序列+重叠部分+重叠部分后端的序列就是你的全序列，拿去和你的目的序列再做一个align two sequences你就得到结果了，好运
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2011-06-03 09:36:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

雪山飞狐7233

铁杆木虫 (著名写手)

铁杆小虫

【答案】应助回帖

第四部分 如何运用BLAST 进行序列比对、检验引物特
异性
提到序列比对，绝大多数战友都会想到BLAST，但BLAST 的使用确实又是一个很大的难
题，因为他的功能比较强悍，里面涉及到的知识比较多，而且比对结束后输出的结果参数（指
标）又很多。如果把BLAST 的使用详细的都讲出来，我想我发帖发到明天也发不完，更何况即可进入比对页面。
第二部分Basic BLAST 包含了5 个常用的BLAST，每一个都附有简短的介绍。
第三部分Specialized BLAST 是一些特殊目的的BLAST，如IgBLAST、SNP 等等，这个
时候你就需要在Specialized BLAST 部分做出适当的选择了。
总之，这是一个导航页面，它的目的是让你根据自己的比对目的选择相应的BLAST 途径。
下面以最基本的核酸序列比对来谈一下BLAST 的使用，期间我也会含沙射影的说一下其
他序列比对的方法。
2． 点击Basic BLAST 部分的nucleotide blast 链接到一个新的页面。打开后如图所
示：
介绍一下上述页面：
Enter Query Sequence 部分是让我们输入序列的，你可以直接把序列粘贴进去，也可
以上传序列，还可以选择你要比对的序列的范围（留空就代表要比对你要输入的整个序列）。
Job Title 部分还可以为本次工作命一个名字。
Choose Search Set 部分是让我们选择要与目的序列比对的物种或序列种类（genome
DNA、mRNA 等等）。如果是人或老鼠的话，就可以直接选择了如果是其他物种就要选择
“others”了，这时候网页会主动跳出一个下拉对话框和一个输入式对话框，你可以分别选出现的这个结果页面信息含量非常大，如果我们用心观察，还是可以发现其中的一些主
要指标的。列举上图也是为了给大家展示一下这些评价标准。其中Description 部分推荐大
家详细看一下，另外说一下“E value” 这个指标与其他指标不同，它的数值越小相似程度
越高，其他几个（如Totle score）都是数值越高相似度越高。
在这个图示的表格下方就是具体的相似性的核酸序列了，还配合着各种参数的得分。
我自己也不是完全懂得BLAST 的使用。所以我在这里也就“画龙点睛”——以比对核酸序列
为例来给大家介绍一下BLAST 的使用，也算是BLAST 的入门课程吧。请看帖的战友好好体会，
如果你用心看，在看帖完毕之后BLAST 的基本使用（包括其他序列的比对）应该没有问题
了。
1．打开BLAST 页面，http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/ 打开后如图所示：
对上面这个页面进行一下必要的介绍：
BLAST 的这个页面主体部分（左面）包括了三部分：BLAST Assembled Genomes、Basic
BLAST、Specialized BLAST。相信大家可以看懂这三个短语的意思，我就不多说了；我要说
的是，可以认为这是三种序列比对的方法，或者说是BLAST 的三条途径。
第一部分BLAST Assembled Genomes 就是让你选择你要比对的物种，点击相应物种之后
赞一下(3人) 回复此楼
梦在路就在！
6楼2011-06-04 07:49:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiaoqi708

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

用vector NT I  论坛里面有软件及操作说明，这个软件功能很强大，里面可以做序列比对。
赞一下 回复此楼
7楼2011-06-04 10:29:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fangni

新虫 (正式写手)
学习一下
回复此楼
8楼2012-03-26 20:04:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

白若薇

新虫 (正式写手)
好贴。。赞一个。学习了。
赞一下 回复此楼
犯错不可怕，只要不犯写进档案里的错误皆可接受。
9楼2013-03-12 22:31:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nydzy

新虫 (初入文坛)
学习了！赞！！
回复此楼
10楼2016-05-18 10:08:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 happy2011 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭