| 查看: 2094 | 回复: 4 | |||
| 本帖产生 1 个 模拟EPI ，点击这里进行查看 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
zhangyanjenny金虫 (正式写手)
|
[交流]
fix ave/time能不能分步输出？能不能不输出到文件？ 已有2人参与
|
||
|
想用fix ave/time将计算数值做平均然后输出 有几个问题想问问大家： 问题一: 1. fix ave/time的输出只能输出到文件吗？能不能作为thermo_style或者dump custom的参数输出? 问题二: 2. fix ave/time的输出能不能分步输出？比如我每隔100步输出一个文件(或其他输出形式)，我试了，用通配符“*” fix 1 all ave/time 2 5 100 v_fx fx.*.data 提示出错 问题三： 3. 如果我想计算系统的径向分布函数RDF，命令如下 compute 1 sample rdf 50 fix 1 sample ave/time 100 1 100 c_1 file sample.rdf model vector 输出后的文件sample.rdf中的数据怎么处理呢？ |
回复此楼» 猜你喜欢
售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急
已经有9人回复
-
售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有6人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急
已经有6人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急
已经有5人回复
-
售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急
已经有6人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急
已经有8人回复
-
售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有6人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急
已经有9人回复
-
国自然面上复盘~欢迎讨论
已经有15人回复
-
中青基了要发朋友圈吗？
已经有3人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 新加坡这个offer能不能拿？[b]还是留校？[/b]
已经有73人回复
- 使用fix ave/spatial指令分层后，层有编号么
已经有8人回复
- 非稳态计算时time step和max iteration number的影响
已经有10人回复
- 怎么判定这个论题能不能写
已经有16人回复
- 环境工程专业，想2012想考中科院，大家能不能给点建议
已经有4人回复
- 【求助】分子筛硅铝比与酸性强弱的关系，为什么？能不能讲清原理
已经有17人回复
- 【求助】关于fix dt/reset命令的时间输出
已经有5人回复
- 【讨论】物理化学硕士能不能考注册化工工程师？
已经有10人回复
- 【讨论】lammps中关于fix ave/spatial命令的输出问题
已经有4人回复
527751273
银虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 82.5
- 散金: 290
- 帖子: 326
- 在线: 73.8小时
- 虫号: 1240797
- 注册: 2011-03-21
- 专业: 金属材料的磨损与磨蚀
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
|
你好，请问为什么会出现以下错误“ERROR: Pair_coeff command before simulation box is defined”。 # 3d contact simulation processors 2 2 2 #units lj #boundary p p s #atom_style atomic #neighbor 0.3 bin #neigh_modify delay 5 # create geometry #read_data bent_2.data #lattice fcc 1 #region sample block -15 70 -15 70 -35 20 #create_atoms 2 region sample #mass 1 1 #mass 2 1 #mass 3 1 #mass 4 1 # lj potentials pair_style lj/cut 1.5 pair_coeff * * 1.0 1.0 1.5 ERROR: Pair_coeff command before simulation box is defined |
3楼2011-06-02 22:06:55
xunbao15
木虫 (正式写手)
- 模拟EPI: 2
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 2243.3
- 散金: 5
- 红花: 1
- 帖子: 457
- 在线: 57.3小时
- 虫号: 292130
- 注册: 2006-10-31
- 性别: GG
- 专业: 工程热物理相关交叉领域
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+5, 模拟EPI+1): 欢迎多来分子模拟板块解答 2011-06-02 18:24:11
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+5, 模拟EPI+1): 欢迎多来分子模拟板块解答 2011-06-02 18:24:11
|
1. 你为什么不想单独输出到文件？单独输出最好不过了。输出到thermo_style或dump custom当然都是可以的， 可这样很容易在输出步数上出现问题，他们三者都有自己的Nevery, Nrepeat, Nfreq, 同时使用会是什么效果要实验了才知道。 2. 为什么想分步输出？文件很大？你要的结果我觉得都可以在后处理中完成。文件分割，excel处理都可以的。 3. sample.rdf 是按步数输出的rdf帧（10，20，30。。。），两列是distance，g（r），最后一帧是所有前面rdf帧的平均值。如果没有特殊需要，这帧就是你要的结果。把这帧的数据copy出来到画图软件，distance是x轴，g（r）是y轴，就出来rdf曲线了。 |
2楼2011-06-02 01:00:28
xunbao15
木虫 (正式写手)
- 模拟EPI: 2
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 2243.3
- 散金: 5
- 红花: 1
- 帖子: 457
- 在线: 57.3小时
- 虫号: 292130
- 注册: 2006-10-31
- 性别: GG
- 专业: 工程热物理相关交叉领域
5277512734楼2011-06-04 12:14:08
527751273
银虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 82.5
- 散金: 290
- 帖子: 326
- 在线: 73.8小时
- 虫号: 1240797
- 注册: 2011-03-21
- 专业: 金属材料的磨损与磨蚀
5楼2011-06-04 17:19:17
投票:
30