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zhangyanjenny金虫 (正式写手)
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fix ave/time能不能分步输出？能不能不输出到文件？ 已有2人参与
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想用fix ave/time将计算数值做平均然后输出 有几个问题想问问大家： 问题一: 1. fix ave/time的输出只能输出到文件吗？能不能作为thermo_style或者dump custom的参数输出? 问题二: 2. fix ave/time的输出能不能分步输出？比如我每隔100步输出一个文件(或其他输出形式)，我试了，用通配符“*” fix 1 all ave/time 2 5 100 v_fx fx.*.data 提示出错 问题三： 3. 如果我想计算系统的径向分布函数RDF，命令如下 compute 1 sample rdf 50 fix 1 sample ave/time 100 1 100 c_1 file sample.rdf model vector 输出后的文件sample.rdf中的数据怎么处理呢？ |
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xunbao15
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御剑江湖(金币+5, 模拟EPI+1): 欢迎多来分子模拟板块解答 2011-06-02 18:24:11
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1. 你为什么不想单独输出到文件？单独输出最好不过了。输出到thermo_style或dump custom当然都是可以的， 可这样很容易在输出步数上出现问题，他们三者都有自己的Nevery, Nrepeat, Nfreq, 同时使用会是什么效果要实验了才知道。 2. 为什么想分步输出？文件很大？你要的结果我觉得都可以在后处理中完成。文件分割，excel处理都可以的。 3. sample.rdf 是按步数输出的rdf帧（10，20，30。。。），两列是distance，g（r），最后一帧是所有前面rdf帧的平均值。如果没有特殊需要，这帧就是你要的结果。把这帧的数据copy出来到画图软件，distance是x轴，g（r）是y轴，就出来rdf曲线了。 |
2楼2011-06-02 01:00:28
527751273
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你好，请问为什么会出现以下错误“ERROR: Pair_coeff command before simulation box is defined”。 # 3d contact simulation processors 2 2 2 #units lj #boundary p p s #atom_style atomic #neighbor 0.3 bin #neigh_modify delay 5 # create geometry #read_data bent_2.data #lattice fcc 1 #region sample block -15 70 -15 70 -35 20 #create_atoms 2 region sample #mass 1 1 #mass 2 1 #mass 3 1 #mass 4 1 # lj potentials pair_style lj/cut 1.5 pair_coeff * * 1.0 1.0 1.5 ERROR: Pair_coeff command before simulation box is defined |
3楼2011-06-02 22:06:55
xunbao15
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