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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 做分子对接前选择配体和受体时有什么要求吗？
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lily_llf

新虫 (小有名气)

[求助] 做分子对接前选择配体和受体时有什么要求吗？

各位牛人，在做分子对接前要从很多配体或者受体中选择所要的，选择时有没有什么原则要遵守呢？比如resolution之类的，或者其他的

谢谢！
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1楼 2011-06-01 11:04:34
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lily_llf

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2011-06-01 12:37:40:
resolution当然是重要的一点了~类似的序列一致性的情况下resolution越高越好,此外，注意一下有配体和无配体的同一蛋白质的活性位点结构是否一致，不一致的话可以考虑用结合配体的，现在很多软件都是把配体柔性 ...

非常感谢啊！

  还问一下，有没有这方面的论文或书籍啊，或者是要了解这方面的信息要查什么样的关键词，你的回答我大概知道是哪方面的意思，但是还是不太懂，还得补一下基础知识。谢谢啊！
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3楼2011-06-02 08:24:59
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+5): 谢谢 2011-06-01 21:00:36
lily_llf(金币+2): 谢谢啊！ 2011-06-02 08:16:03
引用回帖:
Originally posted by lily_llf at 2011-06-01 11:04:34:
各位牛人，在做分子对接前要从很多配体或者受体中选择所要的，选择时有没有什么原则要遵守呢？比如resolution之类的，或者其他的

谢谢！

resolution当然是重要的一点了~类似的序列一致性的情况下resolution越高越好,此外，注意一下有配体和无配体的同一蛋白质的活性位点结构是否一致，不一致的话可以考虑用结合配体的，现在很多软件都是把配体柔性处理的，但是初始结构对对接结果可能也是有影响的~你可以试试不同的配体初始结构
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2楼2011-06-01 12:37:40
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-06-02 18:25:45
引用回帖:
Originally posted by lily_llf at 2011-06-02 08:24:59:
非常感谢啊！

  还问一下，有没有这方面的论文或书籍啊，或者是要了解这方面的信息要查什么样的关键词，你的回答我大概知道是哪方面的意思，但是还是不太懂，还得补一下基础知识。谢谢啊！

看看不同对接软件的教程和网上相关的英文综述吧！~关于对接的
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2011-06-02 09:02:46
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lily_llf

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2011-06-02 09:02:46:
看看不同对接软件的教程和网上相关的英文综述吧！~关于对接的

嗯，好，谢谢！
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5楼2011-06-02 09:25:09
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