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nininini

银虫 (小有名气)

[求助] 关于real-time PCR温度优化的问题

第一次实验温度Tm=58度,Cp值22左右,后来相同体系,Tm=66度,结果Cp值降到了9左右,三四个基因都是这样,请问这是什么原因呢,结果可靠吗?
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adslye

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

nininini(金币+5): 谢谢详细回复 2011-05-28 11:35:00
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Originally posted by nininini at 2011-05-28 10:52:28:
第一次实验温度Tm=58度,Cp值22左右,后来相同体系,Tm=66度,结果Cp值降到了9左右,三四个基因都是这样,请问这是什么原因呢,结果可靠吗?

感觉Cp=22太高了。
虽然Cp值多少都是现实情况的反应。跟Cp有关的因素其实也就是PCR反应产物量的影响因素。比如:模板量,扩增效率等。也就是说Cp和产物的量相关。
而Tm主要和精度有关(当然也会影响扩增效率以及扩增),但在荧光定量PCR中我们调节Tm是为了更单一的产物,特别是在用染料法的时候。也就是说Tm和精度有关。

你前后实验都有重复试过吗?如果都是相同条件只是Tm不同且是在有一定重复性下得到的可信结果。
那我觉得你要做:
1.扩增效率考证。。做一个在不同温度下的扩增效率对比。
2.试剂确定没问题。
3.程序设置与试剂相符合。有些公司酶是要热变性,有些快速酶,有些是标准酶。
4.扩大体系,抬高平台期和基线期距离,看看与原体系差别。理论上CT值是一样的。
5.看是否有背景污染。用水做对照。

个人感觉,只是Tm变,Cp差太大了,应该是扩增效率差别很大造成的。
另外:
1.CT差别有多大?
2.你是两步法还是三步法PCR?

你的情况我没遇到过。顺便学习。
2楼2011-05-28 11:24:30
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nininini

银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by adslye at 2011-05-28 11:24:30:
感觉Cp=22太高了。
虽然Cp值多少都是现实情况的反应。跟Cp有关的因素其实也就是PCR反应产物量的影响因素。比如:模板量,扩增效率等。也就是说Cp和产物的量相关。
而Tm主要和精度有关(当然也会影响扩增效率以 ...

谢谢详细的解答,试剂应该没什么问题,一起做的其他基因都正常,因为是初始摸条件,所以没做平行,Tm=58度时以其中的一个基因做标准曲线,扩增效率为92%,Tm=66度的没做标准曲线。但觉得扩增效率不应该会有这么大的影响,我觉得您的建议,测定不同温度的扩增效率很有意义~~希望继续讨论~~
3楼2011-05-28 11:38:23
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nininini

银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by adslye at 2011-05-28 11:24:30:
感觉Cp=22太高了。
虽然Cp值多少都是现实情况的反应。跟Cp有关的因素其实也就是PCR反应产物量的影响因素。比如:模板量,扩增效率等。也就是说Cp和产物的量相关。
而Tm主要和精度有关(当然也会影响扩增效率以 ...

另外,两次Cp值相差13,
没明白您说的二步三步什么意思,我是体外反转,用cDNA为模板,程序就是变性退火延伸三步法,不知道您还指哪些方面?
4楼2011-05-28 11:41:31
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adslye

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

nininini(金币+1): 2011-07-18 08:51:40
引用回帖:
Originally posted by nininini at 2011-05-28 11:41:31:
另外,两次Cp值相差13,
没明白您说的二步三步什么意思,我是体外反转,用cDNA为模板,程序就是变性退火延伸三步法,不知道您还指哪些方面?

PCR过程,三步法就是:变性退火延伸  二步就是:变性 退火+延伸
比方:我的程序是   :  95°c 5s    60°c 30s   40个循环。
三步法扩增效率高些,两步法副产物相对少些。

你CT差得大吗?
5楼2011-05-28 15:37:11
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nininini

银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by adslye at 2011-05-28 15:37:11:
PCR过程,三步法就是:变性退火延伸  二步就是:变性 退火+延伸
比方:我的程序是   :  95°c 5s    60°c 30s   40个循环。
三步法扩增效率高些,两步法副产物相对少些。

你CT差得大吗?

那我的是三步法,95°c 5s ,58度或66度 20s,72度 30s 其中一个差13,另外两三个差10左右
6楼2011-05-28 15:53:33
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adslye

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

nininini(金币+3): 2011-05-28 17:53:29
nininini(金币+1): 2011-07-18 08:51:46
引用回帖:
Originally posted by nininini at 2011-05-28 15:53:33:
那我的是三步法,95°c 5s ,58度或66度 20s,72度 30s 其中一个差13,另外两三个差10左右

你的意思是同一基因,同一体系,只是退火温度不同。CT值差了10以上对吧?
那你这个肯定有问题。3.3个CT基本就是模板量差10倍。

你是探针法还是染料法。确定没有副产物吧?  CT差10有可能是产物和引物二聚体的差别。

建议你换2步法P下。 95°5s  66°30s 看下。  你的引物退火温度多少?为什么要选这两个温度?如果你要摸条件,那就直接做个梯度,你这样2个温度做下来没意义。

强烈建议做个NTC组,确认下2种温度下的产物,看有没有非特异性产物。
7楼2011-05-28 16:36:26
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