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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » MS 建团簇模型
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yhailing

银虫 (正式写手)

[求助] MS 建团簇模型

打算用MS建一个ZnO的小颗粒模型，然后用VASP计算，希望得到表面的信息。请教各位大神，如何在建一个小颗粒团簇模型，只需50个原子即可。

PS：我现在首先输入物质模型，切了一下表面，接着生成supercell，去掉周期性，然后手动删到不要的原子。不知道这样做有什么问题没。在提出原子坐标时，CASTEP无法计算，好像是和去掉了周期性有关。使用了Dmol3计算，但是和CASTEP不一样，输出的不是.cell文件，而是.CAR文件.不知道怎么转换为POSCAR文件。

也有说是加真空层的，但是我试了一下，真空层只能加一个方向，其余几个方向会不会有点问题。
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1楼 2011-05-16 09:27:25
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yhailing

银虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 漂泊四方 at 2011-05-23 10:11:03:
MS 转 VASP输入文件有两种方式


笛卡尔坐标的话，你从CAR文件里面直接拷贝就可以了。
分数坐标，从CASTEP的输入文件里面*.cell去找，什么单胞大小，原子位置全都有。
当然之前你要弄明白POSCAR的格式。

好的，感谢！试一下先！
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5楼2011-05-24 13:04:54
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yhailing

银虫 (正式写手)
补充一下，我做的只需要一个孤立的团簇即可。
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2楼2011-05-16 09:32:06
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lixiao85

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
franch(金币+1): 谢谢回帖交流 2011-05-23 15:31:18
yhailing(金币+2): 感谢回帖，我后来用跟这个类似的方法，就是把晶格中周围原子去掉，剩下中间小部分，但是计算显示很难收敛。 2011-05-24 12:36:39
yhailing(金币+5): 感谢！ 2011-05-25 09:03:08
可不可以先建一个大的体包，然后切割成团簇，也就是把体胞中多余的原子去掉
赞一下(1人) 回复此楼
相信自己一定会成功！！
3楼2011-05-23 09:02:56
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漂泊四方

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
franch(金币+1): 谢谢回帖交流 2011-05-23 15:31:36
gzqdyouxia(金币+7): 替楼主转送 2011-05-27 17:20:58
引用回帖:
Originally posted by yhailing at 2011-05-16 09:27:25:
打算用MS建一个ZnO的小颗粒模型，然后用VASP计算，希望得到表面的信息。请教各位大神，如何在建一个小颗粒团簇模型，只需50个原子即可。

PS：我现在首先输入物质模型，切了一下表面，接着生成supercell，去掉周 ...

MS 转 VASP输入文件有两种方式


笛卡尔坐标的话，你从CAR文件里面直接拷贝就可以了。
分数坐标，从CASTEP的输入文件里面*.cell去找，什么单胞大小，原子位置全都有。
当然之前你要弄明白POSCAR的格式。
赞一下(2人) 回复此楼
我与我纠缠久
4楼2011-05-23 10:11:03
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