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kmw.8668

金虫 (正式写手)

归期守望者

[求助] 关于原子位置的问题

做表面吸附建模型的时候,被吸附原子的位置怎样确定呢?也就是被吸附原子具体该放在那些位置呢?我看文献上说有桥位、顶位、空位,这些具体都指的是哪些位置呢,怎样把原子放在这些位置呢?知道的虫友请帮帮忙,金币酬谢!
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臾兮,臾兮,何时是归期!
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kmw.8668

金虫 (正式写手)

归期守望者

引用回帖:
Originally posted by cavediger at 2011-05-12 05:20:27:
真是个懒家伙,不待你这么玩儿的
1.fcc和hcp的区别,图里面显示得已经很清楚了,仔细瞅瞅.....
2.你给的那些实际上是分数坐标,即以slab边长为一个单位给出的相对值,确定了要吸附在什么位置,坐标也就定了 ...

呵呵!我比较弱弱,希望你能再讲详细点,“x,y坐标都是某整数分之一,z坐标根据键长大约计算一下离开表面层的高度也就可以确定下来了”这里面的某整数具体指的是什麽?怎样根据键长计算离开表面层的高度呢?还有就是fcc和hcp我知道它们位置不同,可这两个有什麽不同的意义呢?我现在很苦恼,重谢!!
臾兮,臾兮,何时是归期!
5楼2011-05-12 10:03:17
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cavediger

金虫 (正式写手)


zzy870720z(金币+1): 谢谢建议 2011-05-11 20:13:29
引用回帖:
Originally posted by kmw.8668 at 2011-05-11 13:38:08:
做表面吸附建模型的时候,被吸附原子的位置怎样确定呢?也就是被吸附原子具体该放在那些位置呢?我看文献上说有桥位、顶位、空位,这些具体都指的是哪些位置呢,怎样把原子放在这些位置呢?知道的虫友请帮帮忙,金 ...

自己放吧

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我们都老得太快,却聪明得太迟。当我一路跌跌撞撞登上山巅,蓦然发现,本来就有一条笔直的路,直达山顶....
2楼2011-05-11 15:17:14
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kmw.8668

金虫 (正式写手)

归期守望者

引用回帖:
Originally posted by cavediger at 2011-05-11 15:17:14:
自己放吧

谢谢你的图片指示,我想问fcc的是不是就是所谓的空位?hcp 是什麽位置,这个我还没见过。还有就是当建模型的时候,需要输入吸附的原子坐标,这个该怎麽确定呢?就以下面的这个文件为例(物质AB的001面),如果我想吸附O2,那麽在顶位,空位,桥位O2的坐标该怎末确定呢?

A0001    A     0.333330000    0.666670000    0.300680000
A0002    A     0.333330000    0.666670000    0.433560000
A0003    A     0.333332795    0.666667213    0.567652256
A0004    A     0.333332551    0.666667458    0.704005757
B0001    B     0.000000000    0.000000000    0.234240000
B0002    B     0.000000000    0.000000000    0.367120000
B0003    B     0.000000000    0.000000000    0.500000000
B0004    B     0.999999329    0.000000668    0.632506363
B0005    B     0.999999240    0.000000749    0.756236627
臾兮,臾兮,何时是归期!
3楼2011-05-11 19:29:56
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cavediger

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


youzhizhe(金币+1, 1ST强帖+1): 谢谢交流。 2011-05-12 08:47:51
引用回帖:
Originally posted by kmw.8668 at 2011-05-11 19:29:56:
谢谢你的图片指示,我想问fcc的是不是就是所谓的空位?hcp 是什麽位置,这个我还没见过。还有就是当建模型的时候,需要输入吸附的原子坐标,这个该怎麽确定呢?就以下面的这个文件为例(物质AB的001面),如果 ...

真是个懒家伙,不待你这么玩儿的
1.fcc和hcp的区别,图里面显示得已经很清楚了,仔细瞅瞅.....
2.你给的那些实际上是分数坐标,即以slab边长为一个单位给出的相对值,确定了要吸附在什么位置,坐标也就定了,很多情况下,x,y坐标都是某整数分之一,z坐标根据键长大约计算一下离开表面层的高度也就可以确定下来了......
我们都老得太快,却聪明得太迟。当我一路跌跌撞撞登上山巅,蓦然发现,本来就有一条笔直的路,直达山顶....
4楼2011-05-12 05:20:27
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