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dingjunrong

木虫 (小有名气)

[求助] PCR总是无法正确扩增所需片段,问题在哪?

我要扩增的是一个属的特异性片段1900bp,本来以为引物有问题,又合了一遍,还是扩不出,郁闷啊~
20ul体系:ddH2O 14.1ul    10×PCR Buffer 2ul    dNTP 2ul  引物各0.5ul   模板0.5ul
TaqE 0.4 ul
PCR反应程序:95度 5min 95度 1min   55度 1min  72度  3min  72度  10min
30个循环
求高人分析
电泳图如下:从左向右:marker10000,阳性样品,空白对照。marker条带由小至大:250bp,500bp,1000bp,2000bp,.......
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syn1985

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

阳性样品就是你说的PCR产物吧 在PCR反应体系里面加点DMSO 退火温度在提高点就可以了 DMSO会明显减少非特异性扩增条带的
6楼2011-05-17 17:55:14
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fhh819

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

1949stone(EPI+1): 鼓励 2011-05-11 12:41:36
dingjunrong(金币+2): 2011-11-07 09:54:42
我看了你的反应体系的成分后,觉得:
1、你的模板太少;实在不行模板量用4ul都可以。
2、dNTP的浓度如果是100mM的话,用量就只要0.4ul 。
3、相信退火温度的确定,不用说了吧。不过个人认为退火温度影响不是很大。
4、如果实在不行,就再次设计引物吧?尽量找保守区设计引物。
你试一试这个反应体系吧?
20ul体系:
ddH2O            14.4ul   
10×PCR Buffer      2ul   
dNTP                  0.4ul  
引物                 各0.4ul   
模板                    2ul
TaqE                 0.4 ul
俱怀逸兴壮思飞,欲上青天揽明月!
2楼2011-05-11 11:05:04
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lly198784

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
1949stone(金币+4): 直接使用试剂盒 2011-05-11 12:41:59
dingjunrong(金币+3): 2011-05-12 09:35:24
我也是克隆一个3000多bp的基因,用的是根瘤菌基因组模板,PCR出来很多非特异性条带。我觉得不是体系的问题,不过我用的酶是pyrobest聚合酶,以前PCR都是用的这个酶,以前的模板是大肠杆菌基因组,这次的不知道怎么回事。要不你换个酶试试。
3楼2011-05-11 11:21:45
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lly198784

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
1949stone(金币+2): 1分钟也可以 2011-05-11 12:42:29
dingjunrong(金币+3): 谢谢 2011-05-12 09:35:37
你的延伸时间太长了,2min就够了,退火温度适当提高。
4楼2011-05-11 11:24:18
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